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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c4o | |||||||||
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タイトル | CdaA-ATP complex | |||||||||
要素 | Diadenylate cyclase | |||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Neumann, P. / Ficner, R. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Microlife / 年: 2023 タイトル: Computer-aided design of a cyclic di-AMP synthesizing enzyme CdaA inhibitor. 著者: Neumann, P. / Kloskowski, P. / Ficner, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c4o.cif.gz | 225.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c4o.ent.gz | 152 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c4o_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c4o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c4o_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c4o_validation.cif.gz | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase |
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-非ポリマー , 5種, 53分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97702 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97702 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 26034 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 46.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/av σ(I): 12.78 / Net I/σ(I): 12.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.97→45.73 Å / SU ML: 0.2983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.4599 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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