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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8c4m | |||||||||
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Title | CdaA-Adenosine complex | |||||||||
![]() | Diadenylate cyclase | |||||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Complex | |||||||||
Function / homology | ![]() diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Neumann, P. / Ficner, R. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Computer-aided design of a cyclic di-AMP synthesizing enzyme CdaA inhibitor. Authors: Neumann, P. / Kloskowski, P. / Ficner, R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 176.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 115.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 773 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 774.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8c4jC ![]() 8c4nC ![]() 8c4oC ![]() 8c4pC ![]() 8c4qC ![]() 8c4rC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19369.102 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ADN / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 180 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 11, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97702 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.51→50 Å / Num. obs: 56384 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 27.63 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 20.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.05 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→45.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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