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万見
- PDB-8c4j: CdaA-compound 4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c4j
タイトルCdaA-compound 4 complex
要素Diadenylate cyclase
キーワードPROTEIN BINDING / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5-methylpyrimidin-4-amine / Diadenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Neumann, P. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP1879 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
引用ジャーナル: Microlife / 年: 2023
タイトル: Computer-aided design of a cyclic di-AMP synthesizing enzyme CdaA inhibitor.
著者: Neumann, P. / Kloskowski, P. / Ficner, R.
履歴
登録2023年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diadenylate cyclase
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0637
ポリマ－38,7382
非ポリマー3255
水1,53185
1
A: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5143
ポリマ－19,3691
非ポリマー1452
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Diadenylate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5494
ポリマ－19,3691
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.820, 64.550, 129.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase / Diadenylate cyclase CdaA


分子量: 19369.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Not traceable N and C-termini have not been modeled.
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: dacA, cdaA, lmo2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y5E4, diadenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-TI5 / 5-methylpyrimidin-4-amine / 5-メチルピリミジン-4-アミン


分子量: 109.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 3.7 M NaCl, 0.1M Na-HEPES pH 8.5 and 3 % DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 31111 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 37.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 16.15
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.83-1.933.12245020.773.2461
1.93-2.031.71536520.9011.7821
2.03-2.230.77155330.9820.8021
2.23-80.062169740.9990.0641
8-140.0263540.9990.0281
14-170.0284010.031
17-500.0335610.0351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.83→38.94 Å / SU ML: 0.2903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.3228
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 1553 5.01 %
Rwork0.2159 29431 -
obs0.2172 30984 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→38.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 19 85 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782426
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9133279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0648395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8496911
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.890.5071390.47392619X-RAY DIFFRACTION99.42
1.89-1.960.42881410.38932654X-RAY DIFFRACTION99.71
1.96-2.030.37351380.33282615X-RAY DIFFRACTION99.71
2.03-2.130.33431390.28792639X-RAY DIFFRACTION99.5
2.13-2.240.31531370.24962621X-RAY DIFFRACTION99.64
2.24-2.380.30011400.24262662X-RAY DIFFRACTION99.75
2.38-2.560.2921410.23232668X-RAY DIFFRACTION99.72
2.56-2.820.2711410.2422666X-RAY DIFFRACTION99.82
2.82-3.230.26891420.23162689X-RAY DIFFRACTION99.86
3.23-4.070.20711450.18382744X-RAY DIFFRACTION99.83
4.07-38.940.18281500.17512854X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3017405428-0.04291759127850.3868894029733.461870891180.1438734324662.944292513330.621093386109-0.80837507338-0.4346873567610.819300445661-0.2787410319810.07966946342380.0224077611511-0.278721142996-0.3824703792620.853685826025-0.0564254777159-0.07149013629850.4415339443360.02901576533640.383832791224-21.1366936785-1.18192067587-4.2902803882
22.24779388657-0.818299622721-0.2486568335396.149963895760.6695206881216.57562319642-0.02807625853780.0224765012722-0.0104679272089-0.1833851061430.114366449412-0.0417460808011-0.0843976217848-0.3501920606-0.1128993544650.405224625547-0.0330359962724-0.02077793957940.325558378948-0.01744698887690.36353188112-19.0514419726-1.40802247801-16.8215265124
31.133572525380.2513086373090.8725918559278.636211488960.8673811105712.01903812753-0.26808518741-0.0537079526763-0.0138546913867-0.9053371248740.248894775789-0.813519689899-0.3690380338170.1544477650796.06391349229E-50.437510618946-0.009246909611840.06190163920130.371282190436-0.01376287857710.404802831481-13.21712074024.35065902171-19.565300491
43.779950973562.13843815911.334052193384.37818107496-0.544859774453.61422495031-0.1993414094840.07075381397810.249348803036-0.04729303688560.131624379728-0.146240321944-0.4910200017640.1570574456570.09721127524890.64028065369-0.0167888197592-0.04684399876050.395935149693-0.04773775736860.45429047348-14.276164760311.417612446-14.1054631396
52.30218392788-0.01956378638842.197948925276.38983692895-0.3866069267557.67356084658-0.0742562459519-0.3681829993750.7703890040310.50145565377-0.129670184988-0.376251200697-0.2600769651330.02034876684240.2484430928830.651847746115-0.0084979993184-0.02080787861880.473250732132-0.0324562448120.50005770912-22.82298812379.44340696313-2.83572529249
68.017714181481.301264904291.123429082698.3234521065-0.4941736497357.20209848081-0.0679956115316-0.000978547105481-0.00895302901923-0.4543605793450.117857918170.3950595136710.0680073336462-0.60073854217-0.1086309289290.35564973564-0.01003827820620.008217991450560.306993964589-0.01727030769930.340454081858-16.1698893876-24.0753928589-20.9302760468
70.651425280501-1.43560773768-0.2589739823319.58169116705-1.522245258724.05938494181-0.0467008438102-0.173567433906-0.0001093719115110.7852329625070.140824877064-0.468168782772-0.03675596945670.0187952502277-0.1284121123760.331598672627-0.060145770323-0.0636540240540.35257882075-0.01680661087640.360718526144-13.6061360754-22.1741217005-11.1173214184
83.394638229620.0785111768994-2.315124372916.44500955106-1.068863232025.729004932650.01809267245770.0823717265504-0.189750014782-0.107857800646-0.00101817790924-0.1805447571450.501128474981-0.02187651149-0.04181030110330.399879353232-0.0388052671631-0.05837305883230.334916574928-0.0101714671520.392727100332-11.1587179337-32.5637039132-18.4023341314
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 26 )AA3 - 261 - 24
22chain 'A' and (resid 27 through 63 )AA27 - 6325 - 61
33chain 'A' and (resid 64 through 101 )AA64 - 10162 - 99
44chain 'A' and (resid 102 through 141 )AA102 - 141100 - 139
55chain 'A' and (resid 142 through 155 )AA142 - 155140 - 153
66chain 'B' and (resid 5 through 44 )BC5 - 441 - 42
77chain 'B' and (resid 45 through 101 )BC45 - 10143 - 99
88chain 'B' and (resid 102 through 157 )BC102 - 157100 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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