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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c36 | ||||||
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タイトル | Light-adapted 2.0 Angstrom crystal structure of H132A variant of cobalamin binding domain belonging to a light-dependent transcription regulator TtCarH obtained under aerobic conditions | ||||||
![]() | Probable transcriptional regulator | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / CarH / cobalamin / light-activated / transcription regulator | ||||||
機能・相同性 | ![]() cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Poddar, H. / Leys, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Redox driven B 12 -ligand switch drives CarH photoresponse. 著者: Poddar, H. / Rios-Santacruz, R. / Heyes, D.J. / Shanmugam, M. / Brookfield, A. / Johannissen, L.O. / Levy, C.W. / Jeffreys, L.N. / Zhang, S. / Sakuma, M. / Colletier, J.P. / Hay, S. / Schiro, ...著者: Poddar, H. / Rios-Santacruz, R. / Heyes, D.J. / Shanmugam, M. / Brookfield, A. / Johannissen, L.O. / Levy, C.W. / Jeffreys, L.N. / Zhang, S. / Sakuma, M. / Colletier, J.P. / Hay, S. / Schiro, G. / Weik, M. / Scrutton, N.S. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 333.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 271.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8c31C ![]() 8c32C ![]() 8c33C ![]() 8c34C ![]() 8c35SC ![]() 8c37C ![]() 8c73C ![]() 8c76C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23192.730 Da / 分子数: 4 / 変異: H132A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TT_P0056 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-B12 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 16% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→67.9 Å / Num. obs: 62906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 13.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4599 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8C35 解像度: 2→66.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 10.797 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.436 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→66.85 Å
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拘束条件 |
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