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万見
- PDB-8c31: Dark state 1.8 Angstrom crystal structure of cobalamin binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c31
タイトルDark state 1.8 Angstrom crystal structure of cobalamin binding domain belonging to a light-dependent transcription regulator TtCarH obtained under aerobic condition
要素Probable transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / CarH / cobalamin / light-activated / transcription regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Methionine synthase domain / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / Cobalamin-binding domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. ...Methionine synthase domain / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / Cobalamin-binding domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / BROMIDE ION / IMIDAZOLE / TRIETHYLENE GLYCOL / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Poddar, H. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/S030336/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Redox driven B 12 -ligand switch drives CarH photoresponse.
著者: Poddar, H. / Rios-Santacruz, R. / Heyes, D.J. / Shanmugam, M. / Brookfield, A. / Johannissen, L.O. / Levy, C.W. / Jeffreys, L.N. / Zhang, S. / Sakuma, M. / Colletier, J.P. / Hay, S. / Schiro, ...著者: Poddar, H. / Rios-Santacruz, R. / Heyes, D.J. / Shanmugam, M. / Brookfield, A. / Johannissen, L.O. / Levy, C.W. / Jeffreys, L.N. / Zhang, S. / Sakuma, M. / Colletier, J.P. / Hay, S. / Schiro, G. / Weik, M. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
履歴
登録2022年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y ..._pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
改定 1.22023年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
B: Probable transcriptional regulator
C: Probable transcriptional regulator
D: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,20423
ポリマ－93,0394
非ポリマー7,16519
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21440 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.114, 69.705, 204.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulator


分子量: 23259.801 Da / 分子数: 4 / 変異: No / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
遺伝子: TT_P0056 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q746J7

-
非ポリマー , 7種, 509分子

#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C62H89CoN13O14P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Condition B3 from Morpheus screen (Molecular Diensions) (0.09 M halogens, 0.1 M buffer system 1 pH 6.5, 30% v/v precipitant mix 3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→61.18 Å / Num. obs: 84476 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4123 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C8A

5c8a


解像度: 1.8→61.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 6.565 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20897 4383 5.2 %RANDOM
Rwork0.17044 ---
obs0.17236 80019 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å2-0 Å20 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→61.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5910 0 479 490 6879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0126644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0156354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9911.7489135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5441.62914677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6695793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.273577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94210975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3072.8713154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2982.8713154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.094.2943938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.094.2963939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3313.3123490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3313.3133491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8894.7925193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.16645.547493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.03742.0327330
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 302 -
Rwork0.308 5795 -
obs--97.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4851-0.10970.02891.2111-0.58733.2229-0.12070.2256-0.2595-0.19980.17550.13280.6591-0.3461-0.05480.1565-0.09750.01120.0902-0.01440.0762-11.083-17.82641.694
21.2425-0.1460.20931.2453-0.73523.4741-0.07380.17930.22810.02280.16260.2881-0.2958-0.5696-0.08870.0460.05680.00520.16920.09440.1483-20.262-0.83554.257
30.87610.36620.12161.31010.24852.83140.01840.0510.1063-0.10220.00860.33450.1201-0.441-0.0270.0177-0.0188-0.02970.07830.01830.0887-8.4145.94216.519
41.28241.05110.0343.26060.29481.4250.04260.0039-0.2107-0.00920.008-0.20240.23990.2144-0.05060.04820.04-0.01120.0348-0.00510.038213.8482.92818.064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A78 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2B82 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3C78 - 274
4X-RAY DIFFRACTION4D82 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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