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- PDB-8c2p: FMDV 3D polymerase in complex with 3B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c2p
タイトルFMDV 3D polymerase in complex with 3B3
要素
  • Protein 3B-3
  • RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA dependent RNA polymerase FMDV Picornavirus 3B VPg
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Ferrer-Orta, C. / Veraguer, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-117976GB-100 スペイン
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2023
タイトル: Dual role of the foot-and-mouth disease virus 3B1 protein in the replication complex: As protein primer and as an essential component to recruit 3Dpol to membranes.
著者: Ferrer-Orta, C. / Ferrero, D.S. / Verdaguer, N.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
B: Protein 3B-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6232
ポリマ－56,6232
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, the dpolymerase elute as a monomer in a superdex 75 10 300
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.512, 93.512, 100.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase 3D-POL / P3D-POL / P56A


分子量: 54039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03311, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド Protein 3B-3 / P3B-3 / Genome-linked protein VPg3


分子量: 2584.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
参照: UniProt: P03311
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium acetate 25% PEG 4K 0.1M HEPES pH 6.5 4% butyrolactone.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.76 Å / Num. obs: 43448 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 33.98 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05456 / Net I/σ(I): 18.93
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.971 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 4227 / CC1/2: 0.799 / CC star: 0.943 / % possible all: 98.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc4_4425精密化
直接法位相決定
SCALAデータスケーリング
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wne

1wne


解像度: 1.85→46.76 Å / SU ML: 0.2471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.1772
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 2046 4.71 %
Rwork0.2426 41400 -
obs0.2436 43446 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3705 0 0 51 3756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00873794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02955143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.44071375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.33431260.32962690X-RAY DIFFRACTION98.39
1.89-1.940.32041400.29482701X-RAY DIFFRACTION98.78
1.94-1.990.32851650.29642710X-RAY DIFFRACTION98.97
1.99-2.050.2921150.29962708X-RAY DIFFRACTION98.64
2.05-2.120.31051440.2912719X-RAY DIFFRACTION99.27
2.12-2.190.32761170.29332749X-RAY DIFFRACTION99.1
2.19-2.280.31461550.28382732X-RAY DIFFRACTION99.07
2.28-2.380.31871180.2832743X-RAY DIFFRACTION99.48
2.39-2.510.33281180.27322754X-RAY DIFFRACTION99.41
2.51-2.670.29131170.27682792X-RAY DIFFRACTION99.59
2.67-2.870.31091690.27922740X-RAY DIFFRACTION99.69
2.87-3.160.28641270.26742789X-RAY DIFFRACTION99.86
3.16-3.620.24721510.24472793X-RAY DIFFRACTION99.97
3.62-4.560.23021440.2022828X-RAY DIFFRACTION99.93
4.56-46.760.19881400.18992952X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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