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- PDB-8c2f: Structure of 14-3-3 sigma delta C with electrophilic peptide 3MHR-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c2f
タイトルStructure of 14-3-3 sigma delta C with electrophilic peptide 3MHR-5
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • ARG-ALA-HIS-SEP-CYS-PRO-ALA-SER-LEU-GLN
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 sigma / 3MHR-5 / covalent
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ethyl 3-bromanyl-2-methyl-propanoate / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者van den Oetelaar, M.C.M. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A simple method for developing lysine targeted covalent protein reagents.
著者: Gabizon, R. / Tivon, B. / Reddi, R.N. / van den Oetelaar, M.C.M. / Amartely, H. / Cossar, P.J. / Ottmann, C. / London, N.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: ARG-ALA-HIS-SEP-CYS-PRO-ALA-SER-LEU-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0207
ポリマ－27,6942
非ポリマー3265
水1,06359
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: ARG-ALA-HIS-SEP-CYS-PRO-ALA-SER-LEU-GLN
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: ARG-ALA-HIS-SEP-CYS-PRO-ALA-SER-LEU-GLN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,04014
ポリマ－55,3884
非ポリマー65110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.760, 112.156, 62.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド ARG-ALA-HIS-SEP-CYS-PRO-ALA-SER-LEU-GLN


分子量: 1151.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cme = covalent crosslinker bound to the cysteine, which reacts with Lys122 of 14-3-3 sigma delta C
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 64分子

#3: 化合物 ChemComp-TJI / ethyl 3-bromanyl-2-methyl-propanoate / Ethyl 2-(bromomethyl)acrylate (precursor) / (R)-2-メチル-3-ブロモプロピオン酸エチル


タイプ: peptide linking / 分子量: 195.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11BrO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH 7.1, 28% (v/v) PEG400 0.19 M CaCl2, 5% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.14 Å / Num. obs: 13362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 11.64 Å2 / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 1279 / CC1/2: 0.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→56.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 6.581 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26668 671 5 %RANDOM
Rwork0.20102 ---
obs0.20428 12679 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0 Å20 Å2
2--2.36 Å2-0 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→56.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1877 0 4 59 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0121903
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.6482560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.481.5664115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7645237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.05515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08210335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.761.543959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7591.543959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.982.7381192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9792.741193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51.854944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4991.854945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2073.2571369
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.90215.482165
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.89515.392160
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 42 -
Rwork0.239 916 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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