PDB-8c2d: 14-3-3 in complex with Pyrin pS208

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c2d

タイトル

14-3-3 in complex with Pyrin pS208

要素

14-3-3 protein sigma
Pyrin pS208 peptide

キーワード

PROTEIN BINDING / protein-peptide interaction / phosphorylation reader protein / immunology / scaffolding / intrinsic disorder motif

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lau, R. / Ottmann, C. / Hann, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and ligandability of the 14-3-3/pyrin interface.
著者: Lau, R. / Hann, M.M. / Ottmann, C.

履歴

登録	2022年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c2d.cif.gz	73.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c2d.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/8c2d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c28C 8c2yC 8c30C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (16)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
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サーチュイン (Sirtuins)
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カルモジュリン (Calmodulin)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 14-3-3 protein sigma

PPP: Pyrin pS208 peptide

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 14-3-3 protein sigma

PPP: Pyrin pS208 peptide

ヘテロ分子

AAA: 14-3-3 protein sigma

PPP: Pyrin pS208 peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.959, 111.538, 62.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-302- MG

#1: タンパク質	14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin 分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド	Pyrin pS208 peptide 分子量: 1995.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 26% PEG 400, 0.095 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→41.66 Å / Num. obs: 15990 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 2.15→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 15.6 / Num. unique obs: 1162 / CC_1/2: 0.995

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→41.659 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 4.11 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2099	860	5.383 %
R_work	0.1587	15115	-
all	0.161	-	-
obs	-	15975	99.856 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.066 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.627 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.123 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.659 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1890	0	4	256	2150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.645	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.447	1.581	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.302	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.692	22	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.1	15	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.848	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.988	1.88	986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.986	1.876	985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.177	2.792	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.177	2.796	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.533	2.063	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.531	2.06	958
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.048	2.989	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.049	2.989	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.991	22.283	2327
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.956	22.161	2318

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.205	0.241	52	0.165	1092	0.169	1156	0.933	0.949	98.9619	0.145
2.205-2.266	0.25	57	0.18	1063	0.183	1124	0.918	0.941	99.6441	0.169
2.266-2.331	0.189	62	0.156	1061	0.158	1126	0.954	0.95	99.7336	0.137
2.331-2.403	0.257	67	0.14	986	0.146	1053	0.934	0.965	100	0.125
2.403-2.481	0.239	42	0.144	999	0.147	1041	0.938	0.959	100	0.129
2.481-2.568	0.196	63	0.133	945	0.137	1008	0.95	0.969	100	0.12
2.568-2.665	0.188	48	0.145	943	0.147	991	0.955	0.963	100	0.132
2.665-2.773	0.222	72	0.144	846	0.15	918	0.944	0.962	100	0.132
2.773-2.896	0.22	48	0.153	849	0.157	897	0.958	0.961	100	0.144
2.896-3.036	0.176	44	0.151	831	0.152	875	0.961	0.962	100	0.143
3.036-3.199	0.16	35	0.147	778	0.147	813	0.958	0.971	100	0.142
3.199-3.392	0.229	42	0.158	741	0.162	783	0.953	0.964	100	0.156
3.392-3.625	0.185	40	0.158	700	0.159	740	0.958	0.966	100	0.159
3.625-3.913	0.183	33	0.159	664	0.161	697	0.958	0.969	100	0.161
3.913-4.282	0.218	32	0.149	607	0.152	639	0.954	0.969	100	0.155
4.282-4.782	0.156	34	0.147	542	0.148	576	0.97	0.972	100	0.155
4.782-5.509	0.194	27	0.189	500	0.189	527	0.945	0.952	100	0.198
5.509-6.718	0.273	28	0.224	415	0.228	443	0.921	0.922	100	0.223
6.718-9.38	0.278	18	0.172	345	0.176	363	0.923	0.966	100	0.183
9.38-41.659	0.251	16	0.226	208	0.228	225	0.948	0.949	99.5556	0.232

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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