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- PDB-8c17: Crystal structure of TEAD4 in complex with peptide 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c17
タイトルCrystal structure of TEAD4 in complex with peptide 1
要素
  • Stapled peptide
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


trophectodermal cell fate commitment / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / cell fate specification / muscle organ development / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / embryonic organ development ...trophectodermal cell fate commitment / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / cell fate specification / muscle organ development / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / embryonic organ development / embryo implantation / skeletal system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Transcriptional enhancer factor TEF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Scheufler, C. / Kallen, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a Peptidic Inhibitor of the YAP:TEAD Interaction That Binds to the alpha-Helix Pocket on TEAD.
著者: Mesrouze, Y. / Gubler, H. / Villard, F. / Boesch, R. / Ottl, J. / Kallen, J. / Reid, P.C. / Scheufler, C. / Marzinzik, A.L. / Chene, P.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Stapled peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2615
ポリマ－27,8482
非ポリマー4133
水1,02757
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Stapled peptide
ヘテロ分子

A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Stapled peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,52210
ポリマ－55,6974
非ポリマー8256
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area3690 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area11300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.468, 54.468, 166.429
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / Transcription factor 13-like 1 / Transcription factor RTEF-1


分子量: 25597.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD4, RTEF1, TCF13L1, TEF3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q15561
#2: タンパク質・ペプチド Stapled peptide


分子量: 2250.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→24.45 Å / Num. obs: 12749 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.25→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 639 / CC1/2: 0.819

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (8-JUN-2022)精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→18.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.33 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 612 -RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2106 12728 89.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9101 Å20 Å20 Å2
2--0.9101 Å20 Å2
3----1.8202 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→18.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1761 0 168 57 1986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081984HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.992688HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d674SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes333HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1984HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion247SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1418SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion11.22
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 20 -
Rwork0.2357 --
obs0.2339 425 39.27 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80260.7170.80581.37240.9611.5819-0.0938-0.0872-0.1775-0.08720.0876-0.0114-0.1775-0.01140.00610.0080.02680.0108-0.06480.0006-0.0832-25.787511.172-14.2607
213.51462.38934.13011.22244.431615.4934-0.4508-0.4334-0.6335-0.43340.15840.077-0.63350.0770.29240.1391-0.14090.0281-0.19890.056-0.1549-15.866429.9963-15.7044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A215 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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