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- PDB-8c0a: Crystal structure of JAK2 JH2-R683S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c0a
タイトルCrystal structure of JAK2 JH2-R683S
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE / Janus kinase / pseudokinase / JAK2 / JH2
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Interleukin-23 signaling / positive regulation of leukocyte proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / post-embryonic hemopoiesis / erythropoietin-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / acetylcholine receptor binding / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of platelet activation / growth hormone receptor binding / regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of platelet aggregation / Signaling by Leptin / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of cell-substrate adhesion / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / axon regeneration / extrinsic component of plasma membrane / response to hydroperoxide / Interleukin-20 family signaling / growth hormone receptor signaling pathway / Interleukin-6 signaling / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of cell-cell adhesion / peptide hormone receptor binding / IFNG signaling activates MAPKs / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / MAPK3 (ERK1) activation / interleukin-6-mediated signaling pathway / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / Prolactin receptor signaling / response to amine / positive regulation of interleukin-17 production / signaling receptor activator activity / mesoderm development / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / response to tumor necrosis factor / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / positive regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / actin filament polymerization / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / post-translational protein modification / cellular response to dexamethasone stimulus / SH2 domain binding / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of apoptotic signaling pathway / endosome lumen / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T7I / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Haikarainen, T. / Silvennoinen, O.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of JAK2 activation in erythropoietin receptor and pathogenic JAK2 signaling.
著者: Abraham, B.G. / Haikarainen, T. / Vuorio, J. / Girych, M. / Virtanen, A.T. / Kurttila, A. / Karathanasis, C. / Heilemann, M. / Sharma, V. / Vattulainen, I. / Silvennoinen, O.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9976
ポリマ－66,1022
非ポリマー8954
水7,692427
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4983
ポリマ－33,0511
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4983
ポリマ－33,0511
非ポリマー4472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.980, 56.695, 60.619
Angle α, β, γ (deg.)89.900, 79.580, 71.310
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 33050.848 Da / 分子数: 2 / 変異: W659A, W777A, F794H, R683S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-T7I / 3,5-diphenyl-2-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-one


分子量: 355.313 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H12F3N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 21% PEG4000, 0.1M Na-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→59.511 Å / Num. obs: 119363 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 1.82 % / Biso Wilson estimate: 23.74 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.44
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 1.83 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 19114 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FVR

4fvr


解像度: 1.7→53.61 Å / SU ML: 0.2679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.256
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 5968 5 %
Rwork0.194 113336 -
obs0.1962 119304 95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4325 0 64 427 4816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52316162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0912679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.42251674
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.40911970.38723726X-RAY DIFFRACTION92.74
1.72-1.740.421940.37943669X-RAY DIFFRACTION94.17
1.74-1.760.35122040.37593834X-RAY DIFFRACTION95.15
1.76-1.780.39941980.353772X-RAY DIFFRACTION94.7
1.78-1.810.41021920.3413679X-RAY DIFFRACTION94.74
1.81-1.830.34662080.31853934X-RAY DIFFRACTION95.09
1.83-1.860.3431960.30513663X-RAY DIFFRACTION94.86
1.86-1.880.30251990.27693761X-RAY DIFFRACTION94.15
1.88-1.910.30352000.26653772X-RAY DIFFRACTION95.3
1.91-1.940.2882010.24443791X-RAY DIFFRACTION94.78
1.94-1.980.26751950.24423740X-RAY DIFFRACTION94.59
1.98-2.010.2782010.22883795X-RAY DIFFRACTION95.28
2.01-2.050.2661950.22523708X-RAY DIFFRACTION94.69
2.05-2.090.24362090.20643904X-RAY DIFFRACTION95.03
2.09-2.140.24391940.19483688X-RAY DIFFRACTION95.33
2.14-2.190.24762040.18643857X-RAY DIFFRACTION95.37
2.19-2.240.23151990.1843782X-RAY DIFFRACTION95.15
2.24-2.310.22871950.17393784X-RAY DIFFRACTION95.97
2.31-2.370.23232030.18013813X-RAY DIFFRACTION95.94
2.37-2.450.23631980.17393809X-RAY DIFFRACTION95.86
2.45-2.540.23752000.1793785X-RAY DIFFRACTION95.24
2.54-2.640.22951970.183815X-RAY DIFFRACTION95.12
2.64-2.760.25211990.18573790X-RAY DIFFRACTION94.89
2.76-2.90.25071990.19363756X-RAY DIFFRACTION95.16
2.9-3.090.25342000.18653794X-RAY DIFFRACTION95.96
3.09-3.320.21711980.17743824X-RAY DIFFRACTION95.49
3.32-3.660.2331960.16963756X-RAY DIFFRACTION95.18
3.66-4.190.18952020.15033773X-RAY DIFFRACTION93.88
4.19-5.280.15922000.14723747X-RAY DIFFRACTION95.11
5.28-53.610.22091950.18843815X-RAY DIFFRACTION95.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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