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- PDB-8c08: Crystal structure of JAK2 JH2-K539L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c08
タイトルCrystal structure of JAK2 JH2-K539L
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE / Janus kinase / pseudokinase / JAK2 / JH2
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / Erythropoietin activates STAT5 / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / interleukin-12 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / type 1 angiotensin receptor binding / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / erythropoietin-mediated signaling pathway / post-embryonic hemopoiesis / Interleukin-23 signaling / interleukin-23-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / positive regulation of cell-substrate adhesion / interleukin-3-mediated signaling pathway / acetylcholine receptor binding / Interleukin-12 signaling / cellular response to interleukin-3 / positive regulation of platelet aggregation / Signaling by Leptin / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / growth hormone receptor binding / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / axon regeneration / response to hydroperoxide / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic component of plasma membrane / negative regulation of cell-cell adhesion / Interleukin-20 family signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / IFNG signaling activates MAPKs / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / peptide hormone receptor binding / MAPK3 (ERK1) activation / Prolactin receptor signaling / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / mesoderm development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / signaling receptor activator activity / positive regulation of SMAD protein signal transduction / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to tumor necrosis factor / Interleukin receptor SHC signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / Regulation of IFNG signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / Growth hormone receptor signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Erythropoietin activates RAS / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein localization to chromatin / actin filament polymerization / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of T cell proliferation / post-translational protein modification / SH2 domain binding / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / endosome lumen / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of apoptotic signaling pathway / erythrocyte differentiation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Haikarainen, T.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of JAK2 activation in erythropoietin receptor and pathogenic JAK2 signaling.
著者: Abraham, B.G. / Haikarainen, T. / Vuorio, J. / Girych, M. / Virtanen, A.T. / Kurttila, A. / Karathanasis, C. / Heilemann, M. / Sharma, V. / Vattulainen, I. / Silvennoinen, O.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3657
ポリマ－66,2102
非ポリマー1,1555
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, FRET, MD simulations, homology (pdb code 7T6F)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.857, 46.857, 309.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 33104.938 Da / 分子数: 2 / 変異: W659A, W777A, F794H, K539L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG4000, 0.1 M Mg-acetate, 1 mM ATP, 3 mM MgCl2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→77.37 Å / Num. obs: 33692 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2903 / CC1/2: 0.574 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FVR

4fvr


解像度: 2.2→77.37 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 204.94 / 位相誤差: 41.6839
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 1644 4.89 %
Rwork0.2302 31943 -
obs0.2667 33587 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→77.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4246 0 70 82 4398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00194410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51525996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464675
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.10841595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.39711330.36162630X-RAY DIFFRACTION94.77
2.26-2.340.4021230.3562733X-RAY DIFFRACTION95.66
2.34-2.420.41791510.36342602X-RAY DIFFRACTION94.52
2.42-2.520.36771470.35232660X-RAY DIFFRACTION94.76
2.52-2.630.37291300.3492678X-RAY DIFFRACTION95.37
2.63-2.770.33651360.3262659X-RAY DIFFRACTION95.13
2.77-2.950.3791330.32562646X-RAY DIFFRACTION95.21
2.95-3.170.32761200.30582709X-RAY DIFFRACTION95.76
3.17-3.490.32521380.27882646X-RAY DIFFRACTION95.04
3.49-40.28211670.23632617X-RAY DIFFRACTION94
4-5.030.22371300.20662674X-RAY DIFFRACTION95.36
5.04-77.370.27461350.22032690X-RAY DIFFRACTION95.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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