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- PDB-8byh: Crystal structure of TrmD domain from Calditerrivibrio nitroreduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8byh
タイトルCrystal structure of TrmD domain from Calditerrivibrio nitroreducens in complex with S-adenosyl-L-methionine
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / knotted-protein / tRNA / trmD / methyl transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal / SAM-dependent RNA methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kluza, A. / Lewandowska, I. / Sulkowska, J.
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2018/31/B/NZ1/04016 ポーランド
European Union (EU)COST EUTOPIA actionEuropean Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Are there double knots in proteins? Prediction and in vitro verification based on TrmD-Tm1570 fusion from C. nitroreducens. To be published
著者: Sulkowska, J.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,06313
ポリマ－55,7582
非ポリマー1,30611
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.390, 85.390, 210.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

CL

21B-403-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量: 27878.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 (バクテリア)
遺伝子: trmD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E4THH1

-
非ポリマー , 5種, 407分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein sample: 4 mg/mL TrmD in 50 mM HEPES buffer pH 7.4, 300 mM NaCl, 5% glycerol, 10 mM SAM, 20 mM MgCl2. Reservoir solution: 0.2 M sodium thiocyanate, 20% w/v PEG 3350 (JCSG+ screen 1-14).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.46522 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.46522 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→45.79 Å / Num. obs: 40840 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.75 % / Biso Wilson estimate: 32.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 11.93
反射 シェル解像度: 2.19→2.32 Å / 冗長度: 5.67 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6191 / CC1/2: 0.72 / Rrim(I) all: 1.018 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8B1N

8b1n


解像度: 2.19→44.83 Å / SU ML: 0.2483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 2040 5 %
Rwork0.1665 38780 -
obs0.1687 40820 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3836 0 83 396 4315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85735429
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0525601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.24821529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.240.32541240.26852359X-RAY DIFFRACTION92.79
2.24-2.290.31111290.26042444X-RAY DIFFRACTION96.29
2.29-2.360.30211320.22212517X-RAY DIFFRACTION98.04
2.36-2.430.22821350.20352556X-RAY DIFFRACTION99.52
2.43-2.50.28351350.18662572X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.2671350.18082556X-RAY DIFFRACTION99.93
2.59-2.70.21071340.17862579X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-2.820.19831350.1742575X-RAY DIFFRACTION99.82
2.82-2.970.25831370.18082601X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.150.22031370.17482607X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.40.2291370.16772603X-RAY DIFFRACTION99.96
3.4-3.740.18581380.14872628X-RAY DIFFRACTION99.96
3.74-4.280.1611400.13242647X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.390.14531410.12292681X-RAY DIFFRACTION100
5.39-44.830.20771510.17412855X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80471438648-0.221042169938-0.7023381060481.1940058990.4229279473252.94834446322-0.0493901987185-0.05027654878390.1524141803330.02485822510440.003344669606840.0693503258742-0.234924026305-0.1740702838190.04278972631780.244896206460.03360100415040.00038367163640.194551341713-0.001947010344840.250846216769-18.11601164524.030524096-8.15346452439
23.56656303688-5.574145897441.481145366538.83174495572-2.402351394770.6378561096530.08117536066670.448231976217-0.12455057392-1.244152661470.1224521633270.1276685101640.0745047316455-0.458169793167-0.177588831940.436619026116-3.56600870772E-50.002118785596650.5587490564690.006081939243590.31370512678-12.68953210212.9123613495-29.369463042
36.800193565625.2553543552-1.292246806555.23814386053-1.406338369462.10204595099-0.1007892664530.185484979615-0.176533755149-0.1845537314620.116589422974-0.01647580103460.168199624783-0.01011350920970.02212150029830.2372423103650.05369037697180.01041257339020.198232184754-0.0346409932020.232860562432-1.906961670440.167567973041-33.169091982
41.15987790842-0.0671791209758-0.5920608107021.35614718896-0.03848861900923.14991339436-0.0471822038667-0.03376093889550.1110790519520.04290408241220.000505603804177-0.119942099447-0.1807942560510.2496368732550.04029611748440.222694377125-0.0118349006122-0.003919535429210.2102371489560.006058859365530.2468789460095.0297219749318.548323813-17.7661757315
55.566115077755.593860267650.9659216710726.408676849730.5389506338680.4029079538220.589609059937-1.21375644290.2115435652591.64457309228-0.456575823520.292387878536-0.160260734172-0.303233326328-0.1093968829280.627510397790.07631088762550.03242104851750.641080540696-0.01718791955780.384620123488-4.2761674432913.96755571654.62772136731
62.04019104138-2.19865085408-0.951172951324.736685437181.10576937545.27917279451-0.450633451439-0.331599002353-0.4831197123980.6522063080690.1055896622490.2971553999330.9458103042860.2172093414210.328464355380.3936521084280.01004367671270.1057586278640.3456384779270.06047864606220.350624803249-18.84483783597.029629772278.98920543202
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 154 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 155 through 174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 240 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 154 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 155 through 174 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 175 through 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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