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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bxz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase mutant Y220F in complex with penta-mannuronic acid | ||||||
要素 | Alginate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / beta-jeely roll / alginate lyase / mannuronate | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paradendryphiella salina (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wilkens, C. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase mutant Y220F in complex with penta-mannuronic acid 著者: Wilkens, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bxz.cif.gz | 198.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bxz.ent.gz | 131.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bxz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bxz_validation.pdf.gz | 684.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bxz_full_validation.pdf.gz | 685.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bxz_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bxz_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25528.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A7I9C8Z1 |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M Ammonium sulfate; 0.1 Sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→36.62 Å / Num. obs: 58658 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 3.29 % / Biso Wilson estimate: 7.16 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.54 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.27 Å / Num. unique obs: 9001 / CC1/2: 0.87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→36.62 Å / SU ML: 0.0736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 12.5952 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→36.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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