PDB-8bxy: FimH in complex with alpha1,6 core-fucosylated oligomannose-3, cr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bxy

タイトル

FimH in complex with alpha1,6 core-fucosylated oligomannose-3, crystallized in the trigonal space group

要素

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

キーワード

CELL ADHESION / adhesin / FimH / core fucose

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Bridot, C. / Bouckaert, J. / Krammer, E.-M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into a cooperative switch between one and two FimH bacterial adhesins binding pauci- and high-mannose type N-glycan receptors.
著者: Krammer, E.M. / Bridot, C. / Serna, S. / Echeverria, B. / Semwal, S. / Roubinet, B. / van Noort, K. / Wilbers, R.H.P. / Bourenkov, G. / de Ruyck, J. / Landemarre, L. / Reichardt, N. / Bouckaert, J.

履歴

登録	2022年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bxy.cif.gz	167.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bxy.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bxy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bxy_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bxy_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8bxy_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8bxy_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bhdC 8by3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, see main publication
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.056, 91.056, 79.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 158
2	1	1	1	A	1 - 158

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Protein FimH

分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NI / NICKEL (II) ION

分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.66 % / 解説: diamond-shaped
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.1 M Lithium sulphate; 0.1 M Tris-HCl pH 9.0; 10 mM nickel chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→56.076 Å / Num. obs: 56199 / % possible obs: 95.16 % / 冗長度: 20.11 % / B_iso Wilson estimate: 24.99 Å² / CC_1/2: 0.9996 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19.325
反射シェル	解像度: 1.45→1.556 Å / 冗長度: 16.95 % / R_merge(I) obs: 1.837 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2811 / CC_1/2: 0.615 / R_pim(I) all: 0.639 / R_rim(I) all: 1.949 / % possible all: 21.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	モデル構築
autoPROC		data processing
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→56.076 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	1481	2.635 %
R_work	0.1532	54717	-
all	0.155	-	-
obs	-	56198	82.867 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.691 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.603 Å²	0.301 Å²	-0 Å²
2-	-	0.603 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.955 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→56.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	151	345	2888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.809	1.666	3632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.084	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.984	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.962	10	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.432	10	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.437	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.035	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.217	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.091	2.658	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.584	3.986	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	16.344	3.52	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.632	5.117	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.166	53.765	4062
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	23.863	3	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.113	0.05	4780

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11288	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11288	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.487	0.327	14	0.3	351	0.301	4941	0.925	0.952	7.3872	0.296
1.487-1.528	0.33	32	0.282	1187	0.283	4870	0.933	0.959	25.0308	0.276
1.528-1.572	0.328	53	0.267	2158	0.268	4693	0.931	0.966	47.1127	0.254
1.572-1.621	0.328	102	0.252	3769	0.254	4560	0.922	0.97	84.8904	0.234
1.621-1.674	0.286	116	0.232	4273	0.234	4427	0.936	0.975	99.1416	0.213
1.674-1.732	0.274	115	0.208	4153	0.21	4315	0.958	0.978	98.9108	0.185
1.732-1.798	0.238	109	0.174	4019	0.176	4149	0.964	0.984	99.4939	0.154
1.798-1.871	0.172	105	0.14	3846	0.14	3983	0.983	0.989	99.1966	0.124
1.871-1.954	0.216	100	0.119	3716	0.121	3840	0.972	0.992	99.375	0.109
1.954-2.049	0.242	97	0.129	3580	0.132	3695	0.967	0.991	99.5129	0.123
2.049-2.16	0.186	92	0.134	3398	0.135	3501	0.982	0.991	99.6858	0.128
2.16-2.291	0.206	85	0.134	3225	0.136	3316	0.975	0.991	99.8191	0.129
2.291-2.449	0.207	78	0.141	3020	0.142	3103	0.975	0.988	99.8389	0.134
2.449-2.645	0.191	79	0.143	2839	0.145	2919	0.979	0.988	99.9657	0.138
2.645-2.896	0.231	69	0.156	2620	0.158	2690	0.971	0.986	99.9628	0.153
2.896-3.237	0.179	63	0.159	2379	0.16	2442	0.977	0.985	100	0.16
3.237-3.736	0.194	58	0.154	2113	0.155	2171	0.975	0.986	100	0.158
3.736-4.571	0.173	51	0.12	1809	0.122	1860	0.982	0.991	100	0.13
4.571-6.442	0.161	37	0.148	1422	0.148	1459	0.989	0.99	100	0.159
6.442-56.076	0.257	26	0.212	841	0.213	867	0.961	0.962	100	0.223

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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