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万見
- PDB-8bxy: FimH in complex with alpha1,6 core-fucosylated oligomannose-3, cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bxy
タイトルFimH in complex with alpha1,6 core-fucosylated oligomannose-3, crystallized in the trigonal space group
要素Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
キーワードCELL ADHESION / adhesin / FimH / core fucose
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus tip / mechanosensory behavior / Attachment of bacteria to epithelial cells / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bridot, C. / Bouckaert, J. / Krammer, E.-M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission750280European Union
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into a cooperative switch between one and two FimH bacterial adhesins binding pauci- and high-mannose type N-glycan receptors.
著者: Krammer, E.M. / Bridot, C. / Serna, S. / Echeverria, B. / Semwal, S. / Roubinet, B. / van Noort, K. / Wilbers, R.H.P. / Bourenkov, G. / de Ruyck, J. / Landemarre, L. / Reichardt, N. / Bouckaert, J.
#1: ジャーナル: PLoS One / 年: 2008
タイトル: Intervening with urinary tract infections using anti-adhesives based on the crystal structure of the FimH-oligomannose-3 complex.
著者: Wellens, A. / Garofalo, C. / Nguyen, H. / Van Gerven, N. / Slattegard, R. / Hernalsteens, J.P. / Wyns, L. / Oscarson, S. / De Greve, H. / Hultgren, S. / Bouckaert, J.
#2: ジャーナル: Molecules / 年: 2017
タイトル: Sites for Dynamic Protein-Carbohydrate Interactions of O- and C-Linked Mannosides on the E. coli FimH Adhesin.
著者: Touaibia, M. / Krammer, E.M. / Shiao, T.C. / Yamakawa, N. / Wang, Q. / Glinschert, A. / Papadopoulos, A. / Mousavifar, L. / Maes, E. / Oscarson, S. / Vergoten, G. / Lensink, M.F. / Roy, R. / Bouckaert, J.
#3: ジャーナル: Molecules / 年: 2018
タイトル: A Novel Integrated Way for Deciphering the Glycan Code for the FimH Lectin.
著者: Dumych, T. / Bridot, C. / Gouin, S.G. / Lensink, M.F. / Paryzhak, S. / Szunerits, S. / Blossey, R. / Bilyy, R. / Bouckaert, J. / Krammer, E.M.
履歴
登録2022年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1617
ポリマ－33,8342
非ポリマー2,3275
水6,215345
1
A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1294
ポリマ－16,9171
非ポリマー1,2123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0323
ポリマ－16,9171
非ポリマー1,1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.056, 91.056, 79.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 158 / Label seq-ID: 1 - 158

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Protein FimH


分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08191
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % / 解説: diamond-shaped
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.1 M Lithium sulphate; 0.1 M Tris-HCl pH 9.0; 10 mM nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→56.076 Å / Num. obs: 56199 / % possible obs: 95.16 % / 冗長度: 20.11 % / Biso Wilson estimate: 24.99 Å2 / CC1/2: 0.9996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 19.325
反射 シェル解像度: 1.45→1.556 Å / 冗長度: 16.95 % / Rmerge(I) obs: 1.837 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2811 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.639 / Rrim(I) all: 1.949 / % possible all: 21.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.17.1_3660モデル構築
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→56.076 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.074
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2054 1481 2.635 %
Rwork0.1532 54717 -
all0.155 --
obs-56198 82.867 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 32.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.603 Å20.301 Å2-0 Å2
2--0.603 Å20 Å2
3----1.955 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→56.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 151 345 2888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0122630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8091.6663632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0845318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.98458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96210338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.43210102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4370.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21832
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2170.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1590.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0912.6581272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.5843.9861590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it16.3443.521358
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.6325.1172042
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.16653.7654062
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr23.86332630
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1130.054780
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.112880.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.112880.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.45-1.4870.327140.33510.30149410.9250.9527.38720.296
1.487-1.5280.33320.28211870.28348700.9330.95925.03080.276
1.528-1.5720.328530.26721580.26846930.9310.96647.11270.254
1.572-1.6210.3281020.25237690.25445600.9220.9784.89040.234
1.621-1.6740.2861160.23242730.23444270.9360.97599.14160.213
1.674-1.7320.2741150.20841530.2143150.9580.97898.91080.185
1.732-1.7980.2381090.17440190.17641490.9640.98499.49390.154
1.798-1.8710.1721050.1438460.1439830.9830.98999.19660.124
1.871-1.9540.2161000.11937160.12138400.9720.99299.3750.109
1.954-2.0490.242970.12935800.13236950.9670.99199.51290.123
2.049-2.160.186920.13433980.13535010.9820.99199.68580.128
2.16-2.2910.206850.13432250.13633160.9750.99199.81910.129
2.291-2.4490.207780.14130200.14231030.9750.98899.83890.134
2.449-2.6450.191790.14328390.14529190.9790.98899.96570.138
2.645-2.8960.231690.15626200.15826900.9710.98699.96280.153
2.896-3.2370.179630.15923790.1624420.9770.9851000.16
3.237-3.7360.194580.15421130.15521710.9750.9861000.158
3.736-4.5710.173510.1218090.12218600.9820.9911000.13
4.571-6.4420.161370.14814220.14814590.9890.991000.159
6.442-56.0760.257260.2128410.2138670.9610.9621000.223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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