PDB-8bxu: Crystal structure of Odorant Binding Protein 5 from Anopheles gam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bxu

タイトル

Crystal structure of Odorant Binding Protein 5 from Anopheles gambiae (AgamOBP5) with MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol)

要素

Odorant binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding Protein (OBP) / mosquito / olfaction

機能・相同性

機能・相同性情報

dibutyl phthalate binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Liggri, P.G.V. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E.

資金援助

ギリシャ, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: The structure of AgamOBP5 in complex with the natural insect repellents Carvacrol and Thymol: Crystallographic, fluorescence and thermodynamic binding studies.
著者: Liggri, P.G.V. / Tsitsanou, K.E. / Stamati, E.C.V. / Saitta, F. / Drakou, C.E. / Leonidas, D.D. / Fessas, D. / Zographos, S.E.

履歴

登録	2022年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bxu.cif.gz	43 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bxu.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bxu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bxu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8bxu_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	8bxu_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bxvC 8bxwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Odorant binding protein

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.943, 35.509, 55.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.490, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Odorant binding protein 分子量: 14105.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: OBP-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T6R6
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.12M Monosaccharides (0.02 M each of D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose and N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M Bicine/Trizma base, pH 8.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) ...詳細: 0.12M Monosaccharides (0.02 M each of D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose and N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M Bicine/Trizma base, pH 8.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350 and 12.5% (v/v) MPD (2-Methyl-2,4-pentanediol)

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12M Monosaccharides (0.02 M each of D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose and N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1 M Bicine/Trizma base, pH 8.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→54.14 Å / Num. obs: 27461 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.35→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3964 / CC_1/2: 0.749 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→33.398 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.148 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	1393	5.075 %
R_work	0.1657	26055	-
all	0.167	-	-
obs	-	27448	96.076 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.772 Å²	0 Å²	0.383 Å²
2-	-	0.138 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.985 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.398 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	973	0	31	126	1130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.663	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.563	1.591	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.108	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.656	22.075	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.967	15	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.11	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.101	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.293	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.809	1.905	564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.81	1.906	563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.594	2.852	726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.592	2.852	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.323	2.365	580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.321	2.367	581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.063	3.358	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.06	3.363	820
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.974	24.203	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.885	23.715	1329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.312	94	0.269	1898	X-RAY DIFFRACTION	95.6772
1.385-1.423	0.301	114	0.253	1854	X-RAY DIFFRACTION	95.2104
1.423-1.464	0.246	78	0.225	1801	X-RAY DIFFRACTION	95.7208
1.509-1.559	0.26	88	0.192	1749	X-RAY DIFFRACTION	96.1277
1.559-1.613	0.199	92	0.178	1632	X-RAY DIFFRACTION	95.6184
1.613-1.674	0.218	94	0.176	1587	X-RAY DIFFRACTION	96.2772
1.674-1.743	0.235	82	0.173	1547	X-RAY DIFFRACTION	96.6192
1.743-1.82	0.231	86	0.167	1482	X-RAY DIFFRACTION	96.6112
1.82-1.909	0.194	74	0.163	1418	X-RAY DIFFRACTION	96.6947
1.909-2.012	0.191	70	0.161	1341	X-RAY DIFFRACTION	95.7259
2.281-2.463	0.169	52	0.136	1139	X-RAY DIFFRACTION	96.4372
2.463-2.698	0.169	65	0.147	1033	X-RAY DIFFRACTION	96.9965
3.015-3.48	0.212	41	0.167	841	X-RAY DIFFRACTION	95.9739
3.48-4.257	0.218	40	0.142	699	X-RAY DIFFRACTION	95.6016
4.257-6.002	0.22	31	0.18	555	X-RAY DIFFRACTION	96.8595

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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