PDB-8bxw: Crystal structure of Odorant Binding Protein 5 from Anopheles gam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bxw

タイトル

Crystal structure of Odorant Binding Protein 5 from Anopheles gambiae (AgamOBP5) with Carvacrol

要素

Odorant binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding Protein (OBP) / mosquito / olfaction / Carvacrol

機能・相同性

機能・相同性情報

dibutyl phthalate binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Liggri, P.G.V. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E.

資金援助

ギリシャ, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: The structure of AgamOBP5 in complex with the natural insect repellents Carvacrol and Thymol: Crystallographic, fluorescence and thermodynamic binding studies.
著者: Liggri, P.G.V. / Tsitsanou, K.E. / Stamati, E.C.V. / Saitta, F. / Drakou, C.E. / Leonidas, D.D. / Fessas, D. / Zographos, S.E.

履歴

登録	2022年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bxw.cif.gz	44.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bxw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bxw_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bxw_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8bxw_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	8bxw_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bxuC 8bxvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Odorant binding protein

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.361, 36.710, 54.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.771, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Odorant binding protein 分子量: 14105.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: OBP-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T6R6

-
非ポリマー , 6種, 131分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#4: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#5: 化合物	ChemComp-S5V / 2-methyl-5-propan-2-yl-phenol / カルバクロ-ル分子量: 150.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12M alcohols (0.02 M each of 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol (racemic), 2-Propanol, 1,4- Butanediol and 1,3-Propanediol), 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% ...詳細: 0.12M alcohols (0.02 M each of 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol (racemic), 2-Propanol, 1,4- Butanediol and 1,3-Propanediol), 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD

結晶

マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M alcohols (0.02 M each of 1,6-Hexanediol, 1-Butanol, 1,2-Propanediol (racemic), 2-Propanol, 1,4- Butanediol and 1,3-Propanediol), 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→53.51 Å / Num. obs: 32113 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 4584 / CC_1/2: 0.985 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→26.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 0.715 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	1602	4.992 %
R_work	0.1718	30492	-
all	0.173	-	-
obs	-	32094	97.193 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.714 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.028 Å²	0 Å²	0.242 Å²
2-	-	1.085 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.066 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	973	0	46	124	1143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.701	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.551	1.651	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.777	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.144	21.667	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.95	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.114	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.011	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.603	1.952	562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.601	1.952	561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.126	2.934	722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.126	2.933	723
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.676	2.358	613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.674	2.358	614
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.944	3.382	861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.941	3.382	862
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.171	24.653	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.048	24.17	1399

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.41	0.204	99	0.199	2098	X-RAY DIFFRACTION	95.7716
1.41-1.453	0.203	114	0.184	2026	X-RAY DIFFRACTION	96.3964
1.501-1.554	0.2	116	0.18	1884	X-RAY DIFFRACTION	96.8992
1.554-1.612	0.173	121	0.169	1870	X-RAY DIFFRACTION	97.2168
1.612-1.678	0.193	84	0.178	1807	X-RAY DIFFRACTION	97.1737
1.678-1.752	0.217	96	0.179	1727	X-RAY DIFFRACTION	97.5388
1.752-1.838	0.194	101	0.177	1650	X-RAY DIFFRACTION	97.4944
1.838-1.937	0.216	69	0.176	1609	X-RAY DIFFRACTION	98.2436
1.937-2.055	0.195	78	0.176	1475	X-RAY DIFFRACTION	97.673
2.055-2.196	0.204	61	0.163	1452	X-RAY DIFFRACTION	98.3106
2.196-2.372	0.171	65	0.16	1325	X-RAY DIFFRACTION	98.5816
2.372-2.598	0.228	65	0.161	1230	X-RAY DIFFRACTION	98.7043
2.598-2.903	0.231	52	0.174	1119	X-RAY DIFFRACTION	98.4861
3.351-4.1	0.216	50	0.159	845	X-RAY DIFFRACTION	99.5551
4.1-5.781	0.191	38	0.162	650	X-RAY DIFFRACTION	98.0057

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関連情報:EMDBヘッダ

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