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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bxk | ||||||
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タイトル | Ntaya virus methyltransferase | ||||||
要素 | Ntaya virus methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / methyltransferase / NS5 / flavivirus | ||||||
機能・相同性 | SINEFUNGIN 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ntaya virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Boura, E. / Krafcikova, P. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Ntaya virus methyltransferase 著者: Boura, E. / Krafcikova, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bxk.cif.gz | 150.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bxk.ent.gz | 95.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bxk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bxk_validation.pdf.gz | 911.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bxk_full_validation.pdf.gz | 903.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bxk_validation.xml.gz | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bxk_validation.cif.gz | 35.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/8bxk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5mrkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30153.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ntaya virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0 M Sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→39.96 Å / Num. obs: 27743 / % possible obs: 87.16 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 24.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1077 / CC1/2: 0.966 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MRK 解像度: 2.31→39.96 Å / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.8576 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→39.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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