PDB-8bwi: Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bwi

タイトル

Crystal structure of human Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1), crystal form 2

要素

Twisted gastrulation protein homolog 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Twisted gastrulation protein homolog 1 (TWSG1) / Transforming Growth Factor beta (TGF-beta) signalling pathway / extracellular protein / disulfide rich domains.

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of BMP signaling pathway / transforming growth factor beta binding / camera-type eye development / negative regulation of cytokine production / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of SMAD protein signal transduction / hemopoiesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Malinauskas, T. / Rudolf, A.F. / Moore, G. / Eggington, H. / Belnoue-Davis, H. / El Omari, K. / Woolley, R.E. / Griffiths, S.C. / Duman, R. / Wagner, A. ...

資金援助

英国, European Union,

フランス, 4件

組織	認可番号	国
Cancer Research UK	C20724/A14414	英国
Cancer Research UK	C20724/A26752	英国
European Research Council (ERC)	647278	European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)	LT000021/2014-L	フランス

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of BMP signal control by Twisted gastrulation.
著者: Malinauskas, T. / Moore, G. / Rudolf, A.F. / Eggington, H. / Belnoue-Davis, H.L. / El Omari, K. / Griffiths, S.C. / Woolley, R.E. / Duman, R. / Wagner, A. / Leedham, S.J. / Baldock, C. / Ashe, H.L. / Siebold, C.

履歴

登録	2022年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bwi.cif.gz	125.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bwi.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bwi_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bwi_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	8bwi_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	8bwi_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bwaC 8bwdC 8bwlC 8bwmC 8bwnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Twisted gastrulation protein homolog 1

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Twisted gastrulation protein homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, TWSG1 showed some propensity to dimerise during the SEC-MALS experiment.
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.250, 92.250, 95.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22
Space group name Hall	P6₄2(x,y,z+1/6)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+1/3 #11: -x+y,y,-z #12: x,x-y,-z+2/3

#1: タンパク質	Twisted gastrulation protein homolog 1 分子量: 23569.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TWSG1, TSG, PSEC0250 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZX9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M K/Na tartrate, 0.1 M MES pH 6.0 / PH範囲: 6.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→48.08 Å / Num. obs: 3626 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 15.6 % / B_iso Wilson estimate: 99.38 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.251 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.265 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 3.4→3.49 Å / 冗長度: 15.4 % / R_merge(I) obs: 5.961 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 254 / CC_1/2: 0.436 / R_pim(I) all: 1.551 / R_rim(I) all: 6.167 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→46.12 Å / SU ML: 0.6835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5408
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3424	132	4.5 %
R_work	0.2955	2802	-
obs	0.2977	2934	81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 109.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→46.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1266	0	0	0	1266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	1292
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6794	1744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0441	190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.7415	475

LS精密化シェル

解像度: 3.4→46.12 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3424	132	-
R_work	0.2955	2802	-
obs	-	-	81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.58187619603	2.25077053505	-1.62556277064	2.50341399961	-0.766137556399	1.22825769809	-0.421781243582	1.24343282117	0.894493605369	-0.434293997396	0.456825408393	0.880667022164	-1.02240136768	0.131615222354	-0.470194431875	0.87369854771	-0.74812506419	-0.111562782293	1.22312824261	0.437343441745	1.11264293096	-36.1041454252	20.0473846144	-23.1182963848
2	6.47333479752	-0.29950929505	-4.99565114185	0.0396352739281	0.238493554586	3.87081954356	1.04034967363	1.51028624074	0.067022186683	0.00657512292351	-0.660939058857	-0.289249023667	0.328777532393	-0.346388809309	-0.27161532596	2.04229773852	0.23213882505	-0.00134778083907	1.45314192951	0.343504708018	2.23413826943	-41.7133121063	2.01608400697	-19.7202036771
3	4.00905185759	-0.329084518729	0.952364068908	2.35638025576	0.146869263967	4.30622925519	0.249463744499	-0.0460176868724	-0.304251686347	-0.411865376443	0.0810982873268	-0.711007059805	0.717427419145	0.893768449699	-0.178273012576	0.539853714561	0.0728559844105	0.0610708066795	0.570655152699	0.0611794926415	0.851488819365	-32.0798325216	-11.555214737	3.44009011025

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 25 through 79 )	25 - 79	1 - 55
2	2	chain 'A' and (resid 80 through 85 )	80 - 85	56 - 61
3	3	chain 'A' and (resid 86 through 226 )	86 - 226	62 - 165

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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