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- PDB-8bwf: PTBP1 RRM1 bound to an allosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bwf
タイトルPTBP1 RRM1 bound to an allosteric inhibitor
要素
  • Ligand配位子
  • Polypyrimidine tract-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA binding (リボ核酸) / protein-peptide interaction / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle cell differentiation / poly-pyrimidine tract binding / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / pre-mRNA binding / negative regulation of RNA splicing / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of cell differentiation / regulation of RNA splicing ...negative regulation of muscle cell differentiation / poly-pyrimidine tract binding / IRES-dependent viral translational initiation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / pre-mRNA binding / negative regulation of RNA splicing / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of cell differentiation / regulation of RNA splicing / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of protein dephosphorylation / 神経発生 / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / 転写後修飾 / mRNA binding / 核小体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
PTBP1, RNA recognition motif 1 / PTBP1, RNA recognition motif 3 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...PTBP1, RNA recognition motif 1 / PTBP1, RNA recognition motif 3 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アミン / Polypyrimidine tract-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schmeing, S. / Vetter, I. / t Hart, P. / Gasper, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Rationally designed stapled peptides allosterically inhibit PTBP1-RNA-binding.
著者: Schmeing, S. / Amrahova, G. / Bigler, K. / Chang, J.Y. / Openy, J. / Pal, S. / Posada, L. / Gasper, R. / 't Hart, P.
履歴
登録2022年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polypyrimidine tract-binding protein 1
a: Ligand
B: Polypyrimidine tract-binding protein 1
b: Ligand
C: Polypyrimidine tract-binding protein 1
c: Ligand
D: Polypyrimidine tract-binding protein 1
d: Ligand
E: Polypyrimidine tract-binding protein 1
e: Ligand
F: Polypyrimidine tract-binding protein 1
f: Ligand
G: Polypyrimidine tract-binding protein 1
g: Ligand
H: Polypyrimidine tract-binding protein 1
h: Ligand
I: Polypyrimidine tract-binding protein 1
i: Ligand
J: Polypyrimidine tract-binding protein 1
j: Ligand
K: Polypyrimidine tract-binding protein 1
k: Ligand
L: Polypyrimidine tract-binding protein 1
l: Ligand
M: Polypyrimidine tract-binding protein 1
m: Ligand
N: Polypyrimidine tract-binding protein 1
n: Ligand
O: Polypyrimidine tract-binding protein 1
o: Ligand
P: Polypyrimidine tract-binding protein 1
p: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,20170
ポリマ－178,84732
非ポリマー2,35438
水0
1
A: Polypyrimidine tract-binding protein 1
a: Ligand
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Fluorescence anisotropy measurements, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for ...根拠: assay for oligomerization, Fluorescence anisotropy measurements, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization, assay for oligomerization
  • 11.7 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6748
ポリマ－11,1782
非ポリマー4966
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polypyrimidine tract-binding protein 1
b: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1943
ポリマ－11,1782
非ポリマー161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Polypyrimidine tract-binding protein 1
c: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3825
ポリマ－11,1782
非ポリマー2043
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Polypyrimidine tract-binding protein 1
d: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3865
ポリマ－11,1782
非ポリマー2083
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Polypyrimidine tract-binding protein 1
e: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1943
ポリマ－11,1782
非ポリマー161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Polypyrimidine tract-binding protein 1
f: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4786
ポリマ－11,1782
非ポリマー3004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Polypyrimidine tract-binding protein 1
g: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4826
ポリマ－11,1782
非ポリマー3044
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Polypyrimidine tract-binding protein 1
h: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2904
ポリマ－11,1782
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Polypyrimidine tract-binding protein 1
i: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3785
ポリマ－11,1782
非ポリマー2003
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Polypyrimidine tract-binding protein 1
j: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1943
ポリマ－11,1782
非ポリマー161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Polypyrimidine tract-binding protein 1
k: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3865
ポリマ－11,1782
非ポリマー2083
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Polypyrimidine tract-binding protein 1
l: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2904
ポリマ－11,1782
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Polypyrimidine tract-binding protein 1
m: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1943
ポリマ－11,1782
非ポリマー161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Polypyrimidine tract-binding protein 1
n: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1943
ポリマ－11,1782
非ポリマー161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Polypyrimidine tract-binding protein 1
o: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2904
ポリマ－11,1782
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Polypyrimidine tract-binding protein 1
p: Ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1943
ポリマ－11,1782
非ポリマー161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)244.200, 76.630, 94.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Polypyrimidine tract-binding protein 1 / PTB / 57 kDa RNA-binding protein PPTB-1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein I / hnRNP I


分子量: 9612.091 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GPPSRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDS
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTBP1, PTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26599
#2: タンパク質・ペプチド
Ligand / 配位子


分子量: 1565.877 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア / アミン


分子量: 16.023 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.86 / 詳細: 1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999876 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.21 Å / Num. obs: 39834 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.56 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.58
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.9-2.981.61529070.5331.8121
2.98-3.061.24528290.6111.3971
3.06-3.151.00627260.6871.131
3.15-3.240.65526880.8470.7371
3.24-3.350.4426080.9290.4951
3.35-3.470.29625130.9620.3341
3.47-3.60.21324230.980.2411
3.6-3.740.15123470.9880.1731
3.74-3.910.10922510.9930.1241
3.91-4.10.08321410.9960.0941
4.1-4.320.06720640.9970.0751
4.32-4.590.04919440.9980.0551
4.59-4.90.04618430.9980.0521
4.9-5.290.04517320.9990.0511
5.29-5.80.04815930.9980.0541
5.8-6.480.04314450.9980.0491
6.48-7.490.03112950.9990.0361
7.49-9.170.02211010.9990.0251
9.17-12.970.01988210.0211
12.97-46.210.0185020.9990.0211

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→46.21 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3403 1992 5 %
Rwork0.2432 --
obs0.2478 39816 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11548 0 130 0 11678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38416015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9831783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.44281400.37732665X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.050.45421400.37662665X-RAY DIFFRACTION99
3.05-3.140.50191390.36892631X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.240.41121410.32822669X-RAY DIFFRACTION99
3.24-3.360.39591410.28352682X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.490.33851410.25242679X-RAY DIFFRACTION99
3.49-3.650.32251410.25582674X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.850.39081400.25732675X-RAY DIFFRACTION99
3.85-4.090.40791420.24382679X-RAY DIFFRACTION99
4.09-4.40.32951410.23542686X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.840.33541440.2122734X-RAY DIFFRACTION100
4.84-5.540.30691440.24072739X-RAY DIFFRACTION99
5.54-6.980.32291450.27072762X-RAY DIFFRACTION99
6.98-46.210.29421530.19392884X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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