PDB-8bve: MoeA2 from Corynebacterium glutamicum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bve

タイトル

MoeA2 from Corynebacterium glutamicum

要素

Molybdopterin molybdenumtransferase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) /

Molybdopterin molybdotransferase /

cell division (細胞分裂) / gephyrin-like protein / Corynebacteriales

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdopterin cofactor biosynthetic process /

molybdopterin molybdotransferase /

molybdopterin molybdotransferase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Martinez, M. / Haouz, A. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.

資金援助

フランス, ウルグアイ, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-18-CE11-0017	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-21-CE11-0003	フランス
Agencia Nacional de Investigacion e Innovacion (ANII)	FCE_1_2019_1_155569	ウルグアイ

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Eukaryotic-like gephyrin and cognate membrane receptor coordinate corynebacterial cell division and polar elongation.
著者: Martinez, M. / Petit, J. / Leyva, A. / Sogues, A. / Megrian, D. / Rodriguez, A. / Gaday, Q. / Ben Assaya, M. / Portela, M. / Haouz, A. / Ducret, A. / Grangeasse, C. / Alzari, P.M. / Dur N, R. / Wehenkel, A.

履歴

登録	2022年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bve.cif.gz	307.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bve.ent.gz	252.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bve.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bve	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bvfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Molybdopterin molybdenumtransferase

B: Molybdopterin molybdenumtransferase

ヘテロ分子

88.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.443, 94.443, 230.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Molybdopterin molybdenumtransferase 分子量: 44229.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 遺伝子: Cgl0883 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NS03
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 30% v/v PEG400, 200 mM Na3Cit

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→49.2 Å / Num. obs: 58764 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 25 % / Num. unique obs: 4332 / CC_1/2: 0.78 / R_pim(I) all: 0.352 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487-000	精密化
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
Aimless	1.11.19	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.14→49.2 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	2970	5.06 %
R_work	0.1995	-	-
obs	0.2009	58649	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→49.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5799	0	15	424	6238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5902
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.604	8013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.024	868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.17	0.3314	122	0.2947	2449	X-RAY DIFFRACTION	94
2.17-2.21	0.2655	142	0.2626	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.25	0.2949	154	0.2475	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.2611	144	0.2408	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.34	0.261	130	0.238	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.39	0.2662	147	0.237	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.44	0.2424	148	0.2327	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.3025	138	0.25	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.57	0.3113	169	0.2481	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.65	0.2978	140	0.232	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.73	0.2311	128	0.216	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.83	0.2517	150	0.2107	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.95	0.2416	146	0.2151	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.08	0.2881	128	0.2206	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.24	0.2114	138	0.2217	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.44	0.2649	130	0.2093	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.71	0.2158	120	0.1927	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.08	0.181	153	0.1765	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.08-4.67	0.1876	145	0.1453	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.89	0.2045	162	0.17	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
5.89-49.2	0.19	136	0.1886	2936	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4726	-0.2111	-0.4622	2.9623	3.4121	4.7134	-0.0284	-0.1746	0.1552	0.0036	-0.2274	0.3618	-0.244	-0.0612	0.3259	0.3717	0.0063	0.0086	0.3705	-0.0364	0.4372	-7.5527	44.1194	78.3271
2	2.5786	-0.319	0.3059	2.9229	-0.3414	1.8417	-0.0107	0.2344	0.0849	-0.2738	0.0606	-0.0261	0.0932	-0.0143	-0.0535	0.325	-0.0067	0.0319	0.3228	-0.0091	0.2685	3.1401	8.7843	46.9422
3	2.9713	1.1169	-0.0429	2.7929	-1.7861	4.2394	0.1582	0.2702	0.8363	-0.1773	-0.3435	-0.6907	-0.1881	0.4228	0.1654	0.5478	-0.1241	0.1859	0.6925	0.0782	0.9656	23.1959	24.531	40.8652
4	0.1097	-0.9641	-0.8113	2.8262	2.4881	2.4369	-0.0878	0.0953	0.0047	-0.0295	0.0669	0.0794	-0.0226	0.097	0.0075	0.3056	-0.0187	-0.0344	0.4219	-0.066	0.4805	22.439	1.756	48.1248
5	2.3912	-0.1444	0.4468	2.5476	0.0095	1.4799	0.0182	-0.2329	-0.0359	0.3411	-0.0483	-0.0066	0.0242	-0.1093	0.0296	0.3223	0.0299	-0.011	0.2382	-0.0416	0.236	6.3816	33.1559	83.1127
6	4.5075	0.6013	-0.2665	5.0658	0.8573	5.1166	-0.1774	0.4669	0.072	-0.4356	0.1333	-0.1608	0.0412	0.1655	0.0623	0.352	-0.0016	-0.0174	0.2804	0.0216	0.2946	9.8565	51.3331	64.0324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 182 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 183 through 330 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 331 through 417 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 182 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 183 through 330 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 331 through 416 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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