PDB-8bv1: Peptide inhibitor P4 in complex with ASF1 histone chaperone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bv1

タイトル

Peptide inhibitor P4 in complex with ASF1 histone chaperone

要素

Histone chaperone ASF1A
P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

キーワード

CHAPERONE / Inhibitor / ASF1 / Histone / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

histone chaperone activity / muscle cell differentiation / DNA replication-dependent chromatin assembly / DNA repair-dependent chromatin remodeling / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / replication fork processing / osteoblast differentiation / nucleosome assembly / site of double-strand break / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.834 Å

データ登録者

Perrin, M.E. / Li, B. / Mbianda, J. / Ropars, V. / Legrand, P. / Douat, C. / Ochsenbein, F. / Guichard, G.

資金援助

フランス, 3件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2023
タイトル: Unexpected binding modes of inhibitors to the histone chaperone ASF1 revealed by a foldamer scanning approach.
著者: Perrin, M.E. / Li, B. / Mbianda, J. / Bakail, M. / Andre, C. / Moal, G. / Legrand, P. / Ropars, V. / Douat, C. / Ochsenbein, F. / Guichard, G.

履歴

登録	2022年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bv1.cif.gz	418 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bv1.ent.gz	351.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bv1_validation.pdf.gz	507.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bv1_full_validation.pdf.gz	513.5 KB	表示
XML形式データ	8bv1_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	8bv1_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cj1C 8cj2C 8cj3C 6f0hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone chaperone ASF1A

B: Histone chaperone ASF1A

C: Histone chaperone ASF1A

D: Histone chaperone ASF1A

E: Histone chaperone ASF1A

F: Histone chaperone ASF1A

N: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

G: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

K: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

H: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

L: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

I: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

117 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Histone chaperone ASF1A

N: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 complex
19.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Histone chaperone ASF1A

K: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Histone chaperone ASF1A

I: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Histone chaperone ASF1A

L: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Histone chaperone ASF1A

G: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.6 kDa, 2 ポリマー
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6

F: Histone chaperone ASF1A

H: P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.885, 123.885, 179.308
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Histone chaperone ASF1A / Anti-silencing function protein 1 homolog A / hAsf1a / CCG1-interacting factor A / hCIA 分子量: 17927.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Histone chaperone that facilitates histone deposition and histone exchange and removal during nucleosome assembly and disassembly 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASF1A, CGI-98, HSPC146 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9Y294
#2: タンパク質・ペプチド	P4 peptide inhibitor of histone chaperone ASF1 分子量: 1408.718 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成詳細: Sequence of a short alpha-helical peptide known to bind ASF1 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 30% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日 / 詳細: KB Mirrors
放射	モノクロメーター: 0.97857 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.834→49.372 Å / Num. obs: 56883 / % possible obs: 88.79 % / 冗長度: 14.27 % / CC_1/2: 0.9979 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 13.13
反射シェル	解像度: 2.834→2.907 Å / 冗長度: 13.97 % / Mean I/σ(I) obs: 1.446 / Num. unique obs: 1058 / CC_1/2: 0.6066 / R_pim(I) all: 0.635 / % possible all: 22.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
STARANISO		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6f0h

6f0h

解像度: 2.834→29.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU R Cruickshank DPI: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.332 / SU R_free Blow DPI: 0.239 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.248

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2209	2830	4.98 %	RANDOM
R_work	0.2037	-	-	-
obs	0.2045	56834	88.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0137 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0137 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0273 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.834→29.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8045	0	90	147	8282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	8324	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.91	11335	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2850	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1511	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8324	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1038	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5456	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.6

LS精密化シェル

解像度: 2.834→2.91 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3283	53	-
R_work	0.3207	1084	-
obs	-	-	23.15 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8652	-0.9998	-2.8939	0.9628	0.6351	4.9189	-0.0105	-0.2092	0.0331	-0.2092	-0.053	-0.1403	0.0331	-0.1403	0.0634	-0.2097	-0.0432	0.0444	-0.1538	0.0326	-0.113	-57.1116	34.2595	-17.5294
2	2.7779	0.5393	0.9482	5.3675	1.4473	4.6809	-0.0889	-0.4488	-0.332	-0.4488	0.1381	0.2567	-0.332	0.2567	-0.0492	-0.0913	0.01	0.1768	-0.2579	0.0482	-0.09	-21.3478	26.1306	-40.295
3	3.3401	-0.4125	-1.1742	6.1384	-1.2661	5.5977	-0.2606	1.0144	0.3781	1.0144	0.1075	0.1935	0.3781	0.1935	0.1532	0.3464	-0.0015	0.197	-0.2264	0.098	-0.0394	-37.2571	66.4618	-33.5468
4	4.5902	0.7257	0.2071	6.8837	-0.1935	3.8933	-0.0419	-0.9416	0.622	-0.9416	0.0537	-0.5227	0.622	-0.5227	-0.0118	0.3169	-0.0994	-0.0894	-0.1742	-0.0279	-0.1243	-44.784	24.6957	-57.5592
5	6.492	0.1916	2.2404	2.7727	0.8252	4.9513	0.2113	-0.0394	0.5504	-0.0394	-0.0873	-0.7049	0.5504	-0.7049	-0.124	-0.2271	-0.0484	-0.0001	0.3172	-0.0272	-0.0396	-16.1761	20.2012	-6.255
6	6.6573	0.1285	-0.2716	4.5638	1.7591	4.1138	0.14	0.0807	-0.5797	0.0807	0.1125	0.7825	-0.5797	0.7825	-0.2526	-0.1858	-0.1199	0.0446	0.4981	-0.304	0.1798	-15.4484	46.7101	5.1477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|* N\|*}	A	1 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|* N\|*}	N	0
3	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|* N\|*}	N	1 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|* N\|*}	N	3
5	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|* N\|*}	N	4 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|* N\|*}	N	11
7	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|* K\|*}	B	2 - 156
8	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|* K\|*}	K	0
9	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|* K\|*}	K	1 - 2
10	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|* K\|*}	K	3
11	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|* K\|*}	K	4 - 10
12	X-RAY DIFFRACTION	2	{B\|* K\|*}	K	11
13	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|* I\|*}	C	2 - 153
14	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|* I\|*}	I	0
15	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|* I\|*}	I	1 - 2
16	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|* I\|*}	I	3
17	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|* I\|*}	I	4 - 10
18	X-RAY DIFFRACTION	3	{C\|* I\|*}	I	11
19	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|* L\|*}	D	2 - 155
20	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|* L\|*}	L	0
21	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|* L\|*}	L	1 - 2
22	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|* L\|*}	L	3
23	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|* L\|*}	L	4 - 10
24	X-RAY DIFFRACTION	4	{D\|* L\|*}	L	11
25	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|* G\|*}	E	2 - 155
26	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|* G\|*}	G	0
27	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|* G\|*}	G	1 - 2
28	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|* G\|*}	G	3
29	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|* G\|*}	G	4 - 10
30	X-RAY DIFFRACTION	5	{E\|* G\|*}	G	11
31	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|* H\|*}	F	2 - 155
32	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|* H\|*}	H	0
33	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|* H\|*}	H	1 - 2
34	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|* H\|*}	H	3
35	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|* H\|*}	H	4 - 10
36	X-RAY DIFFRACTION	6	{F\|* H\|*}	H	11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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