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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8btm | ||||||
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タイトル | Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ShGdmF | ||||||
要素 | GdmF | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / amide synthase / geldanamycin / amidase / alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | : / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ACETATE ION / GdmF 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ewert, W. / Zeilinger, C. / Kirschning, A. / Preller, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and functional studies of geldanamycin amide synthase ShGdmF 著者: Ewert, W. / Bartens, C. / Heutling, A. / Ongouta, J. / Vogt, M. / Kishore, A. / Zeilinger, C. / Preller, M. / Kirschning, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8btm.cif.gz | 114.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8btm.ent.gz | 87.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8btm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8btm_validation.pdf.gz | 445.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8btm_full_validation.pdf.gz | 445.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8btm_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8btm_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8btm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8btm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29931.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) 遺伝子: gdmF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84G21 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 25% PEG4000, 150 mM sodium acetate, 200 mM lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→48.28 Å / Num. obs: 60070 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 17.47 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0546 / Net I/σ(I): 25.56 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.139 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5911 / CC1/2: 0.825 / % possible all: 99.88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→48.28 Å / SU ML: 0.1292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8076 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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