PDB-8bsg: COMPLEX OF LEPORINE SERUM ALBUMIN WITH DICLOFENAC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bsg

タイトル

COMPLEX OF LEPORINE SERUM ALBUMIN WITH DICLOFENAC

要素

Albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Leporine serum albumin / drug carrier / diclofenac.

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / fatty acid binding / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / protein-folding chaperone binding / blood microparticle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Bujacz, A. / Talaj, J. / Zielinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Investigation of Diclofenac Binding to Ovine, Caprine, and Leporine Serum Albumins.
著者: Talaj, J.A. / Zielinski, K. / Bujacz, A.

履歴

登録	2022年11月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bsg.cif.gz	255.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bsg.ent.gz	210 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bsg_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bsg_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8bsg_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8bsg_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/8bsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hn0C 6hn1C 4f5v 4po0 6ock 6ocl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (9) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (9) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (9) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (8)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (9)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (9)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (9)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (8)

登録構造単位

A: Albumin

ヘテロ分子

68.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.780, 80.130, 104.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Albumin 分子量: 66173.562 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ALB / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U9S2

-
非ポリマー , 6種, 398分子

#2: 化合物	ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC / ジクロフェナク分子量: 296.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁Cl₂NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL / HEPTAPROPYLENE GLYCOL 分子量: 424.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₄O₈
#5: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 % / 解説: elongated prism-shaped crystal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 16% PEG3350, 8% PPG400, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月23日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 50638 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.18 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 21.67
反射シェル	解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 6.95 % / R_merge(I) obs: 1.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 7167 / CC_1/2: 0.733 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→43.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 9.54 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25183	2533	5 %	RANDOM
R_work	0.19824	-	-	-
obs	0.20091	48102	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.4 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→43.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4631	0	109	385	5125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.04	1.994	6624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.56	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.809	24.753	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.678	15	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.294	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.954	3.29	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.939	4.913	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.428	3.555	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.638	28.983	8047
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	185	-
R_work	0.352	3492	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.244	1.4771	-0.0086	3.7114	-0.402	1.4286	0.1821	-0.3923	0.2386	0.4788	-0.3587	0.6236	-0.1348	-0.2041	0.1766	0.0871	-0.0198	0.0715	0.1922	-0.0692	0.1619	39.5358	19.5561	87.3178
2	2.4946	-0.5525	1.9474	1.3999	0.6341	2.6903	-0.2637	-0.0311	0.1273	0.0322	0.2762	-0.2156	-0.505	0.2612	-0.0125	0.2911	-0.0637	-0.0519	0.1392	0.0039	0.1441	58.3403	29.8524	83.5672
3	2.9261	-0.5993	2.8617	1.7642	0.3195	4.619	-0.2049	0.1771	0.018	-0.0977	0.1973	-0.2748	-0.3077	0.6126	0.0076	0.027	-0.039	0.0189	0.1241	0.002	0.0659	63.4774	22.4117	77.02
4	1.0907	0.323	0.392	0.9707	0.5749	2.0485	-0.0409	0.0695	-0.3636	-0.0959	0.218	0.063	-0.0167	-0.0403	-0.1772	0.0646	-0.0204	-0.0188	0.066	0.0277	0.1689	47.85	8.2353	64.2646
5	2.7368	0.2122	0.8036	0.7756	0.8123	2.6454	0.0344	0.0739	-0.3879	0.2528	0.2081	-0.1405	0.3026	0.2799	-0.2425	0.0855	0.0686	-0.0387	0.0749	0.009	0.2056	58.4031	3.155	73.0767
6	1.9037	-0.6214	0.7548	0.3537	-1.0283	4.5611	0.1674	0.0926	-0.4678	-0.0735	0.0087	0.1166	0.2234	0.0339	-0.1761	0.1097	0.0272	-0.0325	0.1195	-0.1698	0.3143	49.0165	-1.8336	47.6917
7	2.7077	1.6345	1.9545	1.3058	1.2207	4.1587	-0.0941	0.3817	-0.1847	-0.1588	0.11	-0.0196	-0.4592	0.2146	-0.0159	0.1516	-0.0262	0.037	0.1527	-0.1293	0.1286	47.7704	7.7872	44.2606
8	4.9614	5.1969	3.0053	7.6105	3.8232	2.0361	-0.233	0.3888	-0.015	-0.2642	0.2721	-0.1276	-0.1239	0.201	-0.0391	0.1358	-0.044	0.0623	0.1904	-0.0605	0.0544	58.6749	18.096	42.102
9	6.8766	-1.6194	1.3269	2.122	-1.0619	1.4936	0.0229	0.1734	0.0627	0.0189	0.1378	-0.1348	-0.1998	0.1412	-0.1606	0.0631	-0.0221	0.0519	0.0689	-0.0522	0.0655	58.0539	38.1355	53.6706
10	2.0118	-0.7479	-0.509	2.4184	0.301	1.8224	0.0326	-0.0191	-0.0448	0.0631	0.2643	-0.2422	-0.1363	0.1081	-0.2968	0.0566	-0.0044	-0.0023	0.0368	-0.0442	0.0891	56.4642	27.8595	58.31
11	2.1043	-0.391	0.4468	5.6826	-0.0707	3.5021	0.0327	0.364	-0.0382	-0.2421	0.2364	0.1346	0.0568	-0.2161	-0.2691	0.0139	-0.0106	-0.0082	0.1051	0.0234	0.0246	45.3363	30.78	50.0366
12	4.1032	-1.7887	1.788	0.8337	-0.5822	5.494	-0.1971	-0.4926	0.791	0.1455	0.3169	-0.345	-0.8967	0.0743	-0.1198	0.3394	0.0722	0.0555	0.1751	-0.0931	0.2496	56.6766	49.217	63.011
13	2.3565	-0.9964	2.7807	1.7234	1.3536	8.5212	-0.2596	-0.0738	0.4185	0.1536	-0.1329	-0.2165	-0.5242	-0.1073	0.3925	0.4054	-0.2582	0.0588	0.2731	-0.0043	0.2398	62.0228	57.1428	60.5657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	296 - 336
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	337 - 366
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	367 - 398
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	399 - 417
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	418 - 468
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	469 - 497
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	498 - 537
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	538 - 584

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 398分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 398分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 398分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)