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万見
- PDB-8brn: Crystal structure of red kidney bean purple acid phosphatase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8brn
タイトルCrystal structure of red kidney bean purple acid phosphatase in complex with an alpha-aminonaphthylmethylphosphonic acid inhibitor
要素Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metallohydrolase / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / ferric iron binding / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRATE ANION / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-R9X / Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feder, D. / Hussein, W.M. / Guddat, L.W. / Schenk, G.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP0986292 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP150104358 オーストラリア
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Optimization of an alpha-aminonaphthylmethylphosphonic acid inhibitor of purple acid phosphatase using rational structure-based design approaches.
著者: Feder, D. / Mohd-Pahmi, S.H. / Adibi, H. / Guddat, L.W. / Schenk, G. / McGeary, R.P. / Hussein, W.M.
履歴
登録2022年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
B: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
C: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
D: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,077152
ポリマ－199,0824
非ポリマー26,994148
水47,9742663
1
A: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
C: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,51875
ポリマ－99,5412
非ポリマー13,97773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area33610 Å2
手法PISA
2
B: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
D: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,55977
ポリマ－99,5412
非ポリマー13,01775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10050 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.859, 125.859, 298.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1225-

HOH

21A-1242-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase / PAP / Iron(III)-zinc(II) purple acid phosphatase


分子量: 49770.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 参照: UniProt: P80366, acid phosphatase

-
糖 , 10種, 22分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 beta-D-mannopyranose-(5-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(5-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb5-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+5)][b-D-Lyxp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#15: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 12種, 2789分子

#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#12: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe
#13: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H5O7
#14: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O4
#16: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#17: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#18: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#19: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#20: 化合物
ChemComp-R9X / [(R)-(decanoylamino)-naphthalen-1-yl-methyl]phosphonic acid


分子量: 391.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#22: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#23: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.96 Å / Num. obs: 182773 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 22.97 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.9 % / Num. unique obs: 5833 / CC1/2: 0.489 / Rsym value: 1.03 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.96 Å / SU ML: 0.2367 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 19.5387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 9127 5.01 %
Rwork0.1568 173000 -
obs0.1593 182127 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14065 0 1716 2663 18444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007516501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.919122393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05942391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00762701
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.70856179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.31272970.26295536X-RAY DIFFRACTION95.98
2.02-2.050.3222880.25615526X-RAY DIFFRACTION96.24
2.05-2.070.29932980.24435581X-RAY DIFFRACTION96.08
2.07-2.10.2852880.24575644X-RAY DIFFRACTION96.47
2.1-2.130.31332970.23695555X-RAY DIFFRACTION97.4
2.13-2.150.26192970.22385625X-RAY DIFFRACTION97.07
2.15-2.180.25653080.20645651X-RAY DIFFRACTION97.48
2.19-2.220.25842830.20275719X-RAY DIFFRACTION97.91
2.22-2.250.26243010.19715697X-RAY DIFFRACTION98.01
2.25-2.290.23153060.18795691X-RAY DIFFRACTION98.49
2.29-2.330.26163190.17885755X-RAY DIFFRACTION98.73
2.33-2.370.22362870.17585741X-RAY DIFFRACTION98.87
2.37-2.420.21972780.16525783X-RAY DIFFRACTION99.18
2.42-2.470.2383210.16695724X-RAY DIFFRACTION99.02
2.47-2.520.24893290.16735737X-RAY DIFFRACTION99.13
2.52-2.580.21423010.16135770X-RAY DIFFRACTION99.36
2.58-2.640.22823090.15955772X-RAY DIFFRACTION99.46
2.64-2.710.21853090.15995805X-RAY DIFFRACTION99.48
2.71-2.790.22953030.15615842X-RAY DIFFRACTION99.51
2.79-2.880.19772740.15345816X-RAY DIFFRACTION99.71
2.88-2.990.21043270.15375835X-RAY DIFFRACTION99.47
2.99-3.10.20422820.15525824X-RAY DIFFRACTION99.66
3.1-3.250.20813170.14825830X-RAY DIFFRACTION99.61
3.25-3.420.19393080.13915869X-RAY DIFFRACTION99.6
3.42-3.630.16453060.12995852X-RAY DIFFRACTION99.63
3.63-3.910.16693400.1185854X-RAY DIFFRACTION99.65
3.91-4.30.14853200.11485883X-RAY DIFFRACTION99.58
4.3-4.910.14142910.10295938X-RAY DIFFRACTION99.49
4.91-6.150.15133440.12475948X-RAY DIFFRACTION99.37
6.16-19.960.21552990.17686197X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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