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- PDB-8bqe: In situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bqe
タイトルIn situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer
要素S-layer protein rsaA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / RsaA S-layer sub-tomogram averaging Caulobacter
機能・相同性RsaA N-terminal domain / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / calcium ion binding / S-layer protein rsaA
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者von Kuegelgen, A. / Bharat, T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202231/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/31 英国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0.
著者: Jasenko Zivanov / Joaquín Otón / Zunlong Ke / Andriko von Kügelgen / Euan Pyle / Kun Qu / Dustin Morado / Daniel Castaño-Díez / Giulia Zanetti / Tanmay A M Bharat / John A G Briggs / Sjors H W Scheres /
要旨: We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are ...We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are based on 3D data models, we propose to optimise a regularised likelihood target that approximates a function of the 2D experimental images. In addition, analogous to Bayesian polishing and contrast transfer function (CTF) refinement in single-particle analysis, we describe the approaches that exploit the increased signal-to-noise ratio in the averaged structure to optimise tilt-series alignments, beam-induced motions of the particles throughout the tilt-series acquisition, defoci of the individual particles, as well as higher-order optical aberrations of the microscope. Implementation of our approaches in the open-source software package RELION aims to facilitate their general use, particularly for those researchers who are already familiar with its single-particle analysis tools. We illustrate for three applications that our approaches allow structure determination from cryo-ET data to resolutions sufficient for de novo atomic modelling.
#1: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2022
タイトル: A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0
著者: Zivanov, J. / Oton, J. / Ke, Z. / von Kuegelgen, A. / Pyle, E. / Qu, K. / Morado, D. / Castano-Diez, D. / Zanetti, G. / Bharat, T.A.M. / Briggs, J.A.G. / Scheres, S.H.W.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S-layer protein rsaA
C: S-layer protein rsaA
D: S-layer protein rsaA
E: S-layer protein rsaA
F: S-layer protein rsaA
A: S-layer protein rsaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,73836
ポリマ－588,9236
非ポリマー13,81430
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
S-layer protein rsaA


分子量: 98153.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: In-situ S-layer
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: rsaA, CCNA_01059
発現宿主: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
株 (発現宿主): YB2811 / 参照: UniProt: A0A0H3C8J1
#2: 多糖
4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6- ...4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-4-acetamido-4,6-dideoxy-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1091.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a1122m-1a_1-5_4*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-1-2-1/a3-b1_b3-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Rhap4NAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Caulobacter crescentus S-layer / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Caulobacter crescentus S-layer / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: YB2811 / 細胞内の位置: extra-cellular
緩衝液pH: 7 / 詳細: PYE medium
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Caulobacter crescentus stalk
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K / 詳細: 1.5 s blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Calibrated defocus min: 2000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 3.4 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 140 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1 / 詳細: Dose symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / 色収差補正装置: not used / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 球面収差補正装置: not used
画像スキャン動画フレーム数/画像: 10 / 利用したフレーム数/画像: 1-10

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0.0volume selection
2SerialEM画像取得
4RELION4.0.0CTF補正
7PHENIX1.19-4092モデルフィッティング
9PHENIX1.19-4092モデル精密化
11RELION4.0.0最終オイラー角割当
12RELION4.0.0分類
13RELION３次元再構成
CTF補正詳細: PseudoSubtomograms as described in Zivanov 2022 (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.28.482229v2.abstract)
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42990 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: EMD-10388 / 詳細: RELION subtomogram averaging / Num. of tomograms: 110 / Num. of volumes extracted: 51866 / Reference model: EMDF
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00111412
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.28115690
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.0632088
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0312130
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0011920

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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