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万見
- PDB-8bq4: Crystal Structure of Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bq4
タイトルCrystal Structure of Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase (PI5P4K2C) bound to an inhibitor
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
キーワードTRANSFERASE / LIPID KINASE / ATP-COMPETITIVE INHIBITOR / PHOSPHATIDYLINOSITOL 5-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / intracellular organelle / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / intracellular organelle / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / phosphorylation / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QZR / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Ogg, D.J. / Howard, T.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Alzheimers Research UK (ARUK)ARUK-2015DDI-CAM 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: The Identification of Potent, Selective, and Brain Penetrant PI5P4K gamma Inhibitors as In Vivo-Ready Tool Molecules.
著者: Rooney, T.P.C. / Aldred, G.G. / Boffey, H.K. / Willems, H.M.G. / Edwards, S. / Chawner, S.J. / Scott, D.E. / Green, C. / Winpenny, D. / Skidmore, J. / Clarke, J.H. / Andrews, S.P.
履歴
登録2022年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / entity_name_com ...diffrn_source / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6754
ポリマ－84,0362
非ポリマー6392
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.090, 78.860, 96.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II gamma / PI(5)P 4-kinase type II gamma / PIP4KII-gamma


分子量: 42017.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2C, PIP5K2C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TBX8, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-QZR / 6-methyl-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 319.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v Peg3350, 0.3 M Ammonium Tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→75.44 Å / Num. obs: 35432 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / Num. unique obs: 1773 / CC1/2: 0.403

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GK9

2gk9


解像度: 2.42→75.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1752 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 35005 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 100.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.8256 Å20 Å20 Å2
2---20.2378 Å20 Å2
3---7.4123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→75.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4743 0 42 38 4823
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.44 Å / Total num. of bins used: 50 /
Rfactor%反射
Rfree0.271 -
Rwork0.2522 -
obs-99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.258-0.0885-0.48850.1260.6033.63420.0023-0.32570.0206-0.0706-0.0584-0.0566-0.0541-0.32750.05610.30440.0053-0.02520.14590.01130.3787-11.900718.484440.602
21.70180.2495-1.14910.0719-0.42683.41120.01460.2006-0.00990.038-0.00140.051-0.07260.2114-0.01320.31450.0031-0.00470.07260.02940.364814.445519.8835-7.0151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B45 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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