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- PDB-8bpy: X-RAY STRUCTURE OF PDE9A IN COMPLEX WITH Inhibitor 13A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpy
タイトルX-RAY STRUCTURE OF PDE9A IN COMPLEX WITH Inhibitor 13A
要素High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
キーワードHYDROLASE / PDE9A / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling ...cGMP metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / cGMP catabolic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / positive regulation of long-term synaptic potentiation / sarcolemma / ruffle membrane / perikaryon / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R4I / High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Steuber, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: BAY-7081: A Potent, Selective, and Orally Bioavailable Cyanopyridone-Based PDE9A Inhibitor.
著者: Meibom, D. / Micus, S. / Andreevski, A.L. / Anlauf, S. / Bogner, P. / von Buehler, C.J. / Dieskau, A.P. / Dreher, J. / Eitner, F. / Fliegner, D. / Follmann, M. / Gericke, K.M. / Maassen, S. / ...著者: Meibom, D. / Micus, S. / Andreevski, A.L. / Anlauf, S. / Bogner, P. / von Buehler, C.J. / Dieskau, A.P. / Dreher, J. / Eitner, F. / Fliegner, D. / Follmann, M. / Gericke, K.M. / Maassen, S. / Meyer, J. / Schlemmer, K.H. / Steuber, H. / Tersteegen, A. / Wunder, F.
履歴
登録2022年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年1月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
B: High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0269
ポリマ－74,3342
非ポリマー6927
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)222.423, 222.423, 120.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 High affinity cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 9A


分子量: 37166.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE9A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76083, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-R4I / (8~{S})-6-[2-(2,3-dihydroindol-1-yl)-2-oxidanylidene-ethyl]-4-(4-methylphenyl)-2-oxidanylidene-8-propyl-1,5,7,8-tetrahydro-1,6-naphthyridine-3-carbonitrile


分子量: 466.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LIGAND ISOPROPYL GROUP NOT FULLY DEFINED BY ELECTRON DENSITY. NO LIGAND BOUND TO CHAIN B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 35% PP 5/4, 0.2 M KCl, 50 mM Hepes pH 7.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 22982 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.49 Å / Num. unique obs: 3601 / CC1/2: 0.739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse structure

解像度: 3.3→49.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 35.017 / SU ML: 0.525 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.839 / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31232 1149 5 %RANDOM
Rwork0.24649 ---
obs0.24974 21832 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 131.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.01 Å2-0 Å20 Å2
2--4.01 Å2-0 Å2
3----8.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5160 0 41 0 5201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9597232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0193.00111431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0515628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88524.242264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.14615932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1981532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.76313.1412518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.76513.1382517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.4219.663143
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.41719.6643144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.04313.4812813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.04213.4792814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.00220.0734087
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 81 -
Rwork0.404 1557 -
obs--97.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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