PDB-8bpt: Crystal structure of the second bromodomain of BRD5 from Leishman...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bpt

タイトル

Crystal structure of the second bromodomain of BRD5 from Leishmania donovani

要素

Bromo domain-containing protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Leishmaniasis / General Transcription / Lysine acetylation

機能・相同性

: / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain family protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania donovani BPK282A1 (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wilkinson, A.J. / Dodson, E.J. / Jones, N.G. / Borgia, J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2023
タイトル: Bromodomain Factor 5 as a Target for Antileishmanial Drug Discovery.
著者: Russell, C.N. / Carter, J.L. / Borgia, J.M. / Bush, J. / Calderon, F. / Gabarro, R. / Conway, S.J. / Mottram, J.C. / Wilkinson, A.J. / Jones, N.G.

履歴

登録	2022年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bpt.cif.gz	296.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bpt.ent.gz	183.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/8bpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tckS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromo domain-containing protein

B: Bromo domain-containing protein

31.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALLS

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.370, 75.356, 105.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromo domain-containing protein 分子量: 15829.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania donovani BPK282A1 (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: LDBPK_091320 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E9BA17
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 1.4 M sodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→31.845 Å / Num. obs: 35399 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.62-31.82	6.8	0.029	273	0.999	0.015	0.033
1.6-1.63	8.4	0.568	1738	0.928	0.304	0.646

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
xia2		データ削減
pointless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TCK

5tck

解像度: 1.6→31.845 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.487 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2147	1701	4.811 %
R_work	0.1615	33657	-
all	0.164	-	-
obs	-	35358	97.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.076 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.183 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.107 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2212	0	0	163	2375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.402	1.655	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.493	1.556	4738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.694	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.057	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.855	10	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.436	10	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.122	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.78	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.386	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.77	1.614	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.768	1.614	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.278	2.419	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.277	2.42	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.951	1.952	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.945	1.95	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.371	2.817	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.37	2.818	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.153	28.43	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.13	26.59	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.154	3	4298

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.227	110	0.196	2394	0.197	2598	0.966	0.969	96.3818	0.176
1.641-1.686	0.24	132	0.171	2349	0.175	2561	0.964	0.978	96.8762	0.153
1.686-1.735	0.245	100	0.179	2330	0.182	2504	0.96	0.977	97.0447	0.159
1.735-1.788	0.24	104	0.164	2236	0.168	2409	0.96	0.981	97.1357	0.143
1.788-1.847	0.238	114	0.144	2180	0.149	2358	0.967	0.986	97.2858	0.126
1.847-1.911	0.227	115	0.144	2082	0.148	2253	0.965	0.986	97.5144	0.125
1.911-1.983	0.217	94	0.149	2056	0.152	2208	0.971	0.986	97.3732	0.132
1.983-2.064	0.209	94	0.136	1987	0.139	2119	0.974	0.989	98.2067	0.125
2.064-2.155	0.203	99	0.137	1888	0.14	2034	0.974	0.989	97.6893	0.127
2.155-2.26	0.177	99	0.142	1808	0.144	1933	0.983	0.989	98.6549	0.132
2.26-2.381	0.188	95	0.138	1759	0.141	1888	0.98	0.988	98.1992	0.132
2.381-2.525	0.224	91	0.15	1642	0.154	1761	0.97	0.986	98.41	0.145
2.525-2.698	0.231	84	0.171	1551	0.174	1655	0.964	0.982	98.7915	0.171
2.698-2.913	0.195	83	0.173	1470	0.175	1569	0.972	0.982	98.9802	0.179
2.913-3.188	0.276	76	0.185	1351	0.189	1439	0.958	0.979	99.1661	0.193
3.188-3.56	0.181	62	0.171	1250	0.172	1320	0.979	0.982	99.3939	0.186
3.56-4.102	0.213	46	0.154	1128	0.156	1180	0.973	0.985	99.4915	0.177
4.102-5.003	0.206	44	0.156	965	0.158	1014	0.976	0.987	99.5069	0.185
5.003-6.99	0.223	33	0.203	762	0.203	804	0.978	0.98	98.8806	0.231
6.99-31.845	0.213	26	0.164	469	0.166	506	0.978	0.981	97.8261	0.205

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6711	0.0473	-0.2284	3.6623	0.0395	0.5024	-0.008	-0.0601	0.0903	0.1534	0.0186	0.0336	-0.186	-0.0789	-0.0105	0.1087	0.0328	-0.0221	0.0906	0.0061	0.0251	-1.3699	18.0973	-15.7546
2	1.6373	-0.0694	-0.1399	1.6292	0.539	3.5095	-0.0072	0.0536	0.0001	-0.115	0.0015	-0.0693	0.0667	0.0726	0.0056	0.0135	0.0058	0.0109	0.0112	0.0104	0.0161	-0.4683	47.9839	5.5985

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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