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- PDB-8bpt: Crystal structure of the second bromodomain of BRD5 from Leishman... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bpt | |||||||||
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Title | Crystal structure of the second bromodomain of BRD5 from Leishmania donovani | |||||||||
![]() | Bromo domain-containing protein | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Leishmaniasis / General Transcription / Lysine acetylation | |||||||||
Function / homology | lysine-acetylated histone binding / Bromodomain / Bromodomain profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / Bromodomain family protein![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wilkinson, A.J. / Dodson, E.J. / Jones, N.G. / Borgia, J. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Bromodomain Factor 5 as a Target for Antileishmanial Drug Discovery. Authors: Russell, C.N. / Carter, J.L. / Borgia, J.M. / Bush, J. / Calderon, F. / Gabarro, R. / Conway, S.J. / Mottram, J.C. / Wilkinson, A.J. / Jones, N.G. #1: ![]() Title: Bromodomain Factor 5 as a Target for Antileishmanial Drug Discovery Authors: Russell, C.N. / Carter, J.L. / Borgia, J.M. / Bush, J. / Calderon, F. / Gabarro, R. / Conway, S.J. / Mottram, J.C. / Wilkinson, A.J. / Jones, N.G. #2: Journal: Nat Commun / Year: 2022 Title: Bromodomain factor 5 is an essential regulator of transcription in Leishmania. Authors: Jones, N.G. / Geoghegan, V. / Moore, G. / Carnielli, J.B.T. / Newling, K. / Calderon, F. / Gabarro, R. / Martin, J. / Prinjha, R.K. / Rioja, I. / Wilkinson, A.J. / Mottram, J.C. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 296.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 183.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 402 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 404.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tckS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15829.970 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: LDBPK_091320 / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 1.4 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 1, 2018 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→31.845 Å / Num. obs: 35399 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19.4 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TCK Resolution: 1.6→31.845 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.487 / SU ML: 0.069 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.093 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.081 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→31.845 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |