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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bpd
タイトルStructural and Functional Characterization of the Novel Endo-alpha(1,4)-Fucoidanase Mef1 from the Marine Bacterium Muricauda eckloniae
要素Glycosyl hydrolase
キーワードHYDROLASE / Fucoidanase / Fucoidan / GH107 / glycosyl hydrolase / Fucanase / calcium binding / polysaccharide / sulfated.
機能・相同性metal ion binding / Chem-3CX / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Muricauda eckloniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mikkelsen, M.D. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Techical University of Denmark (DTU)9082-00021B デンマーク
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structural and functional characterization of the novel endo-alpha (1,4)-fucoidanase Mef1 from the marine bacterium Muricauda eckloniae.
著者: Mikkelsen, M.D. / Tran, V.H.N. / Meier, S. / Nguyen, T.T. / Holck, J. / Cao, H.T.T. / Van, T.T.T. / Thinh, P.D. / Meyer, A.S. / Morth, J.P.
履歴
登録2022年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0058
ポリマ－45,0891
非ポリマー9167
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.416, 105.416, 78.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase


分子量: 45088.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Muricauda eckloniae (バクテリア)
遺伝子: AAY42_01290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N8WFH1, EC: 3.2.1.212
#2: 化合物 ChemComp-3CX / (2S)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid


分子量: 237.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24 % PEG 3350, 0.1 M CAPSO pH 9, 3 % isopropanol, 4 % PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.72 Å / Num. obs: 45842 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.27 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1267 / Rpim(I) all: 0.05163 / Rrim(I) all: 0.1369 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 4540 / CC1/2: 0.833 / CC star: 0.953 / Rpim(I) all: 0.4176 / Rrim(I) all: 1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M8N

6m8n


解像度: 1.8→43.72 Å / SU ML: 0.2742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.7185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2016 2259 4.93 %
Rwork0.1648 43536 -
obs0.1667 45795 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 55 355 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01033115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07174224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.64361145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.37271370.37272686X-RAY DIFFRACTION99.44
1.84-1.880.39731360.33892721X-RAY DIFFRACTION99.93
1.88-1.930.29451270.27742711X-RAY DIFFRACTION99.86
1.93-1.980.25231410.23392702X-RAY DIFFRACTION99.96
1.98-2.040.26281450.21282709X-RAY DIFFRACTION99.93
2.04-2.110.26241260.19152727X-RAY DIFFRACTION99.86
2.11-2.180.20551340.19422730X-RAY DIFFRACTION99.97
2.18-2.270.20721630.17272693X-RAY DIFFRACTION99.93
2.27-2.370.22611370.15932703X-RAY DIFFRACTION99.86
2.37-2.50.20141270.15342734X-RAY DIFFRACTION99.9
2.5-2.650.22211340.15992722X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.860.19821350.15952761X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-3.140.19911410.15532714X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.60.20951540.13882706X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.530.13331500.12052754X-RAY DIFFRACTION100
4.54-43.720.16771720.14242763X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.524343321347-0.273631243489-0.01972206678261.94826388292-0.5680792864631.17493452531-0.02083047703560.0175779306433-0.0147212649778-0.01107275641810.03742950929630.1327764900990.00270374015021-0.198142709652-5.36144798015E-50.210926413743-0.0106451995732-0.01418812612460.220940152388-0.006506394925380.25066931996636.9766916755-11.9674891997-2.79959745117
20.187965889506-0.130849532201-0.002366987469910.0991410003544-0.02180572280930.1387500216070.0655554752493-0.10015607061-0.1020202573780.1072652487-0.138829459557-0.07789286218230.2293908115390.1078416489420.0001154096384210.4143079079310.0410191075448-0.02871664193780.3136094703620.02505794191450.35032996466966.313132502-5.85213943784-18.1975984906
30.98770203011-0.2370827440280.0245192132181.2731496718-0.2343456270171.22489849527-0.0525559080316-0.02649329022140.05547321479560.05701359922860.0270244895438-0.0500069566736-0.04461018012810.09329067095432.88311446098E-50.2933071205410.0113572188673-0.01162001495920.1994705913660.01074154421290.23008400239151.79860175183.79254347382-13.4688508705
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 224 )27 - 2243 - 200
22chain 'A' and (resid 225 through 244 )225 - 244201 - 220
33chain 'A' and (resid 245 through 394 )245 - 394221 - 370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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