PDB-8boy: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the five-co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8boy

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of the five-coordinate Pt(II) complex, 1-Me,Me, with HEWL at pH 4.0

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / platinum / five-coordinate / glucoconjugate / metallodrug / protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Tito, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Impact of Hydrophobic Chains in Five-Coordinate Glucoconjugate Pt(II) Anticancer Agents.
著者: Annunziata, A. / Imbimbo, P. / Cucciolito, M.E. / Ferraro, G. / Langellotti, V. / Marano, A. / Melchiorre, M. / Tito, G. / Trifuoggi, M. / Monti, D.M. / Merlino, A. / Ruffo, F.

履歴

登録	2022年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8boy.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8boy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8boy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8boy_validation.pdf.gz	769.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8boy_full_validation.pdf.gz	770.2 KB	表示
XML形式データ	8boy_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	8boy_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8boy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/8boy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bovC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.500, 77.500, 37.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-348- HOH
2	1	AAA-358- HOH
3	1	AAA-416- HOH
4	1	AAA-437- HOH
5	1	AAA-438- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-R0I / 1-[1,3-dimethyl-4-(1~{H}-1,2,3-triazol-5-yl)imidazol-1-ium-2-yl]-1,2',11'-trimethyl-spiro[1$l^{6}-platinacycloprop-2-ene-1,15'-1,12-diaza-15$l^{6}-platinatetracyclo[10.2.1.0^{5,14}.0^{8,13}]pentadeca-2,4,6,8,10,13-hexaene] 分子量: 607.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₆N₇Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol 0.1 M sodium acetate pH 4.0 0.6 M sodium Nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→54.801 Å / Num. obs: 27087 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 1.251 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1342 / CC_1/2: 0.812 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.33→54.801 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.173 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2188	1340	4.988 %
R_work	0.1854	25524	-
all	0.187	-	-
obs	-	26864	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.011 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.011 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.022 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→54.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	997	0	58	138	1193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.763	1.655	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.545	1.597	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.439	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.808	20.152	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.322	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.388	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.042	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.279	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.896	2.146	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.883	2.142	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.646	3.226	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.646	3.23	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.932	2.708	588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.864	2.469	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.753	3.843	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.395	3.577	788
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.787	28.187	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.115	26.462	1318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.365	0.398	101	0.344	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.9486
1.365-1.402	0.35	95	0.313	1802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.402-1.443	0.297	76	0.296	1792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.443-1.487	0.313	93	0.274	1694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.487-1.536	0.289	93	0.256	1639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.536-1.589	0.309	85	0.245	1621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.589-1.649	0.245	87	0.223	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.649-1.717	0.212	77	0.212	1507	X-RAY DIFFRACTION	99.9369
1.717-1.793	0.226	87	0.205	1434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.793-1.88	0.244	58	0.207	1389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.982	0.226	59	0.199	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
1.982-2.102	0.234	78	0.189	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.102-2.247	0.219	69	0.181	1166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.247-2.427	0.182	43	0.165	1112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.658	0.199	49	0.153	1024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.658-2.97	0.193	62	0.154	929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.428	0.236	38	0.164	838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.428-4.195	0.156	39	0.142	709	X-RAY DIFFRACTION	99.7333
4.195-5.915	0.213	38	0.168	558	X-RAY DIFFRACTION	99.4992

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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