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- PDB-8bnx: Crystal structure of Pif1 from Deferribacter desulfuricans in com... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bnx | ||||||
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Title | Crystal structure of Pif1 from Deferribacter desulfuricans in complex with AMPPNP | ||||||
![]() | AAA family ATPase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Helicase Thermophile | ||||||
Function / homology | DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AAA family ATPase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Studies of Pif1 Helicases from Thermophilic Bacteria. Authors: Rety, S. / Zhang, Y. / Fu, W. / Wang, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 423.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 292.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 736.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 747.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 40.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8bnsC ![]() 8bnvC ![]() 5ftdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 58766.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ANP / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: Tris-HCl 100mM PEG 8K 12% Isopropanol 5% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.544→104.256 Å / Num. obs: 24905 / % possible obs: 93.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 97.02 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.544→2.855 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1245 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.195 / % possible all: 62.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5FTD Resolution: 3.12→71.9 Å / SU ML: 0.3656 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 27.9247 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 116.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.12→71.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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