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- PDB-8bnx: Crystal structure of Pif1 from Deferribacter desulfuricans in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bnx
タイトルCrystal structure of Pif1 from Deferribacter desulfuricans in complex with AMPPNP
要素AAA family ATPase
キーワードHYDROLASE / Helicase Thermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA helicase Pif1, 2B domain / WYL domain / WYL domain / : / DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...: / DNA helicase Pif1, 2B domain / WYL domain / WYL domain / : / DNA helicase Pif1-like / PIF1-like helicase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AAA family ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Deferribacter desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2023
タイトル: Structural Studies of Pif1 Helicases from Thermophilic Bacteria.
著者: Rety, S. / Zhang, Y. / Fu, W. / Wang, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.
履歴
登録2022年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAA family ATPase
B: AAA family ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0393
ポリマ－117,5322
非ポリマー5061
水00
1
A: AAA family ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2722
ポリマ－58,7661
非ポリマー5061
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AAA family ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7661
ポリマ－58,7661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.797, 151.376, 51.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 AAA family ATPase


分子量: 58766.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deferribacter desulfuricans (バクテリア)
株: DSM 14783 / JCM 11476 / NBRC 101012 / SSM1 / 遺伝子: DEFDS_0256 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D3PAZ1
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl 100mM PEG 8K 12% Isopropanol 5%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.544→104.256 Å / Num. obs: 24905 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 97.02 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.544→2.855 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.103 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1245 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.456 / Rrim(I) all: 1.195 / % possible all: 62.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FTD

5ftd


解像度: 3.12→71.9 Å / SU ML: 0.3656 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.9247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2548 982 4.69 %
Rwork0.2399 19970 -
obs0.2406 20952 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 116.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→71.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6702 0 31 0 6733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00266872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67699291
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05011069
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00731161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.3082887
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.280.36451300.30462810X-RAY DIFFRACTION99.97
3.28-3.490.31661460.30082792X-RAY DIFFRACTION99.83
3.49-3.760.30061480.25642784X-RAY DIFFRACTION99.83
3.76-4.140.26031320.2542828X-RAY DIFFRACTION99.93
4.14-4.730.25581410.22542861X-RAY DIFFRACTION99.93
4.73-5.960.25781520.23292851X-RAY DIFFRACTION99.87
5.96-71.90.21061330.22143044X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52729912512-0.8670655936080.7569847551222.836636802150.8619662378723.54590787485-0.304531473727-0.105909434889-0.378282608679-0.0555510323645-0.2943130356061.55505364130.62698455410.1653866408350.3644795555441.14599675711-0.04927414399520.2903410880110.562425864213-0.2177808798971.3095512973429.3369511736-7.15918761472-5.89494387422
24.02753736626-2.298990747161.417296531215.62657913161-0.6384822077784.39890884602-0.2312109155980.446561677786-0.290814748858-0.2795540721320.2233806860590.6485155433580.06505619216310.2559748824730.05525638427190.4487505369470.0300367696592-0.02318807122550.640152412638-0.0008382549232160.45036731388831.844090724314.8073482241-10.4458005548
32.22363588464-0.2805791331480.6539186572084.07077570081-0.9419219876773.55551088639-0.208601705556-0.4306346264920.05562453426170.4064698210250.138219288085-0.06592159924550.4876986277330.04642061344760.09308863527110.5735003238180.204252383656-0.003318034699550.65584487903-0.08472022527240.50333040639638.763384031910.73503699853.1395501618
41.28624351262.166864509780.1649779030444.457991359630.9293092660260.598141028102-0.1839582234030.266778508725-2.13161594879-1.243449427560.5418058754560.735242393040.181206656339-0.0198525374501-0.2139074662070.4599993524130.09514101044540.05342666968931.1674735433-0.001891820776192.29847060213-2.7498759790325.6853472632-1.61739814699
53.2682605765-0.3688280624241.201971632660.6619191025140.4580986088552.747317818110.0885947500162-1.50411959153-1.785556636710.611027238667-0.2676301188240.336081174875-0.239163349783-1.286693491520.1795660269040.326397124634-0.03699097412310.04101302128621.715602525010.372882559011.57065022937-7.5686848700734.32728431899.52843231798
63.02835249671-1.652398129211.965388926973.2986545122-1.784215134634.829222039630.202213305321-0.0775298012866-0.0357978845997-0.110349607309-0.173966127904-0.0795394015301-0.574343717036-0.223045110233-0.01922065646020.7728601288920.08449187165010.09049141240760.505912618051-0.02721572635060.46933965140918.05862598144.076972449-0.511153506367
72.88985074702-1.08372107131.260301878141.018845889650.4374802810373.475281793990.187556995888-0.0530433548536-0.0858788769418-0.0342991711477-0.1064871843620.0872455905461-0.000913788026922-0.587900608912-0.08650401070610.5319077471010.114329036780.06158457110430.4768036613110.02038326110970.4932274326310.990251507740.0093652247-0.0692714608883
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 155 )AA2 - 1551 - 154
22chain 'A' and (resid 156 through 243 )AA156 - 243155 - 242
33chain 'A' and (resid 244 through 423 )AA244 - 423243 - 422
44chain 'B' and (resid 6 through 61 )BC6 - 611 - 56
55chain 'B' and (resid 62 through 189 )BC62 - 18957 - 174
66chain 'B' and (resid 190 through 294 )BC190 - 294175 - 279
77chain 'B' and (resid 295 through 423 )BC295 - 423280 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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