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- PDB-8bns: Crystal structure of Pif1 from Sulfurihydrogenibium sp in complex... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bns | ||||||
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Title | Crystal structure of Pif1 from Sulfurihydrogenibium sp in complex with ADP | ||||||
![]() | AAA ATPase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Helicase Thermophile | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Studies of Pif1 Helicases from Thermophilic Bacteria. Authors: Rety, S. / Zhang, Y. / Fu, W. / Wang, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. #1: ![]() Title: Structural Studies of Pif1 Helicases from Thermophilic Bacteria. Authors: Rety, S. / Zhang, Y. / Fu, W. / Wang, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 873.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 615.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 83.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8bnvC ![]() 8bnxC ![]() 5ftdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 60033.430 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: YO3AOP1 / Gene: SYO3AOP1_0527 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ADP / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: Tris-HCl 0.1M PEG 4K 20% PEG 200 5% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.24→110.59 Å / Num. obs: 31700 / % possible obs: 91.6 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 5.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.24→3.57 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1586 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 0.84 / % possible all: 66.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5FTD Resolution: 3.24→110.59 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 97.53 / Phase error: 35.247 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 103.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.24→110.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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