PDB-8bns: Crystal structure of Pif1 from Sulfurihydrogenibium sp in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bns

タイトル

Crystal structure of Pif1 from Sulfurihydrogenibium sp in complex with ADP

要素

AAA ATPase

キーワード

HYDROLASE / Helicase Thermophile

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA helicase activity / telomere maintenance / DNA repair
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.24 Å

データ登録者

Rety, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Microorganisms / 年: 2023
タイトル: Structural Studies of Pif1 Helicases from Thermophilic Bacteria.
著者: Rety, S. / Zhang, Y. / Fu, W. / Wang, S. / Chen, W.F. / Xi, X.G.

履歴

登録	2022年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bns.cif.gz	873.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bns.ent.gz	615.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bnvC 8bnxC 5ftdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2)

登録構造単位

A: AAA ATPase

B: AAA ATPase

C: AAA ATPase

D: AAA ATPase

ヘテロ分子

242 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AAA ATPase

B: AAA ATPase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: AAA ATPase

D: AAA ATPase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.138, 129.292, 113.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.222701245107, -0.0128234698326, -0.974802397437), (0.0141306486175, -0.999765980808, 0.0163801217332), (-0.974784324965, -0.0174224636546, -0.222467924795)	253.002076705, 68.5632781916, 318.012579473
2	given	(0.999994603374, 0.000433414829193, -0.0032565892488), (-0.000428475490312, 0.999998757155, 0.00151726612042), (0.003257242807, -0.00151586256363, 0.999993546244)	-6.30062252747, -64.8280937346, 26.3349422869
3	given	(0.229648997406, -0.00482319146674, -0.973261565467), (0.00187248580612, -0.999983680551, 0.00539744651318), (-0.973271715292, -0.00306193664728, -0.229636218303)	244.531871872, 7.09275535485, 344.316550738

#1: タンパク質	AAA ATPase 分子量: 60033.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1 (バクテリア) 株: YO3AOP1 / 遺伝子: SYO3AOP1_0527 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2V894
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Tris-HCl 0.1M PEG 4K 20% PEG 200 5%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.24→110.59 Å / Num. obs: 31700 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_pim(I) all: 0.096 / R_rim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 3.24→3.57 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1586 / CC_1/2: 0.726 / R_pim(I) all: 0.447 / R_rim(I) all: 0.84 / % possible all: 66.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FTD

5ftd

解像度: 3.24→110.59 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 97.53 / 位相誤差: 35.247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2697	1644	5.19 %
R_work	0.2383	30056	-
obs	0.2394	31700	62.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.24→110.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14208	0	108	0	14316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0054	14636
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0101	19744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539	2140
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0122	2484
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.877	5584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.24-3.35	0.28	14	0.2934	198	X-RAY DIFFRACTION	4.35
3.35-3.46	0.3163	14	0.3219	572	X-RAY DIFFRACTION	12.54
3.47-3.6	0.3413	43	0.2851	985	X-RAY DIFFRACTION	21.39
3.6-3.77	0.3311	96	0.2752	1492	X-RAY DIFFRACTION	32.56
3.77-3.97	0.3475	124	0.2587	2210	X-RAY DIFFRACTION	48.18
3.97-4.21	0.3006	153	0.2466	3330	X-RAY DIFFRACTION	72.09
4.21-4.54	0.2878	218	0.2283	3872	X-RAY DIFFRACTION	83.77
4.54-5	0.2475	224	0.2266	4293	X-RAY DIFFRACTION	93.88
5-5.72	0.2477	232	0.2399	4377	X-RAY DIFFRACTION	94.74
5.72-7.21	0.3119	235	0.2558	4388	X-RAY DIFFRACTION	94.59
7.21-110.59	0.2166	222	0.2202	4408	X-RAY DIFFRACTION	93.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9380030513	-0.220481192658	-1.44988487297	5.47761420259	-0.922642500033	6.09514050481	0.126400135431	0.686326874891	-0.736367768542	-0.41651882296	-0.130013590114	0.333545152459	0.401339977148	-0.746555442649	0.00866276901625	0.468761043268	-0.00905842421188	-0.0071547046342	0.796982219	-0.0651262685568	0.603839138992	222.63133312	-28.56376771	54.4130437949
2	6.66365870174	-5.26689983291	-1.96986315728	8.62634248624	5.83799070389	5.56449987785	-0.0456910547413	0.480872395849	0.873073609534	-0.160163011438	0.643870935491	-0.738004937218	-0.291093869127	-0.170025682112	-0.51629950505	0.591990430875	-0.107074333235	0.106340306425	0.893259692179	0.15399228104	0.697166378879	232.341300456	-9.68723700301	53.5505439273
3	6.15114285333	2.58961217046	1.68368335268	4.43655113775	-2.48478425203	6.92102416461	0.0149432040007	-0.31259943679	0.894396891343	0.11550831408	-0.197813424715	0.517811382598	-0.479444338688	0.60902614008	0.143020580961	0.536229461048	0.1623168564	-0.105315062671	0.745379315927	-0.0432794054852	0.902070991279	235.513982206	-17.1670122269	82.1417420457
4	-0.720932729903	1.18644409059	-1.00731444885	4.79493561245	2.15932159244	5.34336877778	-0.267147495982	-0.360386624007	0.495530025871	-0.333933756491	-0.360921483622	0.50942507234	-0.234368797125	-0.317698619912	0.735134894956	0.430792970566	0.134505911792	-0.248184756176	0.827493076535	-0.0830212446305	1.23429742712	230.17365107	-18.7742652489	70.7934382882
5	2.57440410925	2.59087534106	0.671878187772	8.16373471599	5.21825742518	9.91969191188	-0.106324769459	-0.406503100022	0.0700883854864	-1.53922501021	-0.0843266402706	-0.924588847487	-2.09804595289	0.459072430083	0.0767518093399	0.898810729419	-0.0395211071007	0.223746273624	1.34169779784	0.177335606516	0.980407029649	235.765808142	-5.0086425321	51.3612328574
6	3.56758423315	-0.933472621313	-2.57573278163	3.21248039849	0.202497071831	4.98543548966	0.169019003343	0.44228295493	0.527189678623	0.0241296910879	0.0498169081711	-0.16558444853	-0.361564893062	0.321469945483	-0.191356876158	0.364826766445	-0.0190371881482	0.0310462884	0.935594468556	0.19896838133	0.741242731886	271.306916317	-29.7369424383	112.590222992
7	7.28409345289	5.54486073762	1.92071084614	7.15051180066	0.664104298447	9.32399990876	-0.241867854938	0.101291849558	-1.1173944233	0.756273396914	0.779800518804	0.602864264445	0.864322351053	0.391123404449	-0.52663861328	0.952707481418	0.0999803657181	0.389568874409	0.911951648233	0.292725319352	1.3552717972	273.82797889	-42.7279796592	112.255737795
8	4.20646417199	0.720189114677	1.23883522554	2.73077542781	-0.712094604312	1.42792455258	0.241354201997	0.345354025121	-0.472934970898	-0.264686333253	0.00855516053383	-0.39395764985	0.916775756325	-0.252465463169	-0.254184039659	1.02911596439	-0.0249830492802	0.082354576496	0.827519124782	0.0530325392098	0.607336683708	255.476408305	-42.9596218002	100.489814594
9	4.84554910839	-3.2913799841	-0.943556863302	9.37849427006	0.25349614992	2.95601345031	0.0709659034072	0.52548042932	-0.83955719711	0.194400466132	0.324381461386	0.495971573787	0.104705317522	0.236061283094	-0.401467295227	0.526385013594	-0.00888736449313	-0.103704226796	0.846327323891	-0.35006916186	0.70634827564	226.948358563	39.6032487488	30.2498035755
10	2.10457242514	-3.44970290185	1.63749930741	2.20082593804	3.85867048466	6.27259234871	0.786380180108	-1.72540585963	-1.56154536865	2.08669854203	-1.22937564548	1.44675390173	1.69974348051	-1.9289037127	0.340419193008	1.06286872447	-0.125195054514	0.0225358610164	1.27321299948	-0.176133954414	1.28701562007	231.686584161	30.050147925	27.0570886779
11	6.41361775899	1.78524951173	0.749345273439	3.68652632026	-2.35640269102	1.61804935228	-0.179720737333	1.57307583448	-0.267057964752	-0.369834136992	0.0940724848689	0.130168551647	0.486570180866	-0.248547559216	0.0826783861676	0.64934724229	0.0173217507392	0.0425148294229	0.955766988423	-0.28189406468	0.537299563982	236.360728967	42.7509183164	22.7382100744
12	0.171675839599	-2.02688131702	1.40678286115	7.47698884451	-6.48697391725	8.3308881668	0.697019880675	-0.084036709486	-0.590971667537	0.474684671656	0.165478884582	0.285466648379	-1.23190610704	1.03679581848	-0.928644083483	0.833517549669	-0.321052422621	0.00939005305855	0.991634309797	-0.017500363788	1.19438507634	241.792473265	68.7603906582	38.9030887333
13	2.22408694579	-0.172912712152	1.81562859132	2.80224115285	0.905179686175	3.97999848559	-0.346304268403	0.353398491149	0.540022029255	0.106178332322	-0.0896791374536	0.0895904253987	0.158352214915	-0.358132032011	0.439398131469	0.466359028843	-0.0960932661001	0.00201420280159	0.831096360406	0.119897719895	0.677396413721	237.186531415	41.3295828111	52.6618567465
14	1.31977831177	-0.693886489676	-0.451449975156	8.3326673799	-4.28504035443	6.92332958054	-0.233276408393	-0.359043093772	0.142743086369	-1.4344231666	0.572599035051	0.407278432721	0.0383094766333	1.17915427647	-0.41058143345	0.826391675505	-0.240130913978	-0.298861709535	0.66393625454	-0.145613617296	1.08445339248	243.669102914	56.7348958939	41.3118873309
15	0.775494513208	-0.26630691514	0.573944686086	4.35914165611	4.28028097692	6.36968804731	-0.08888722569	0.478266035215	0.20363866849	-0.599274231672	0.290967328455	0.00662247693526	-1.39548071254	1.58777202994	-0.339239670021	0.90796800373	-0.0872432320994	0.237037285037	1.43150190037	0.126422885776	0.95014501927	241.906517651	59.6113637843	24.0319772097
16	9.0024008299	0.183622819078	-1.08051500987	5.6625685986	-1.29533765115	5.09496180641	-0.42411848693	-0.194015075665	-0.276075851394	0.576034838283	0.201711204923	-0.412068300081	-0.356594794881	-0.234085017822	0.23955401487	0.453632464325	-0.0252721624232	-0.037463987413	0.532895655348	-0.118825178902	0.418450947624	273.511946273	32.7205017574	89.3803725503
17	1.0823577565	-0.556492111667	0.176093708969	3.13450155664	0.508969761766	5.5363340544	-0.108218791517	0.051095583075	-0.0181124977767	0.144300678415	0.145752029205	-0.147062379458	0.642949094333	0.888536610207	-0.0750014748309	0.421993550878	0.0401041928319	0.081313154293	0.744381914594	0.124298596704	0.942743181475	280.788545538	27.3955394052	81.8279940628
18	5.9257041839	-1.44972635201	1.65907564308	7.50034097999	-0.562339817499	2.31121827457	0.246241248681	0.257799978678	-0.204921220611	-0.251227761265	0.209580962922	-0.321611422721	1.03078124458	0.0939661424663	-0.437965292804	0.950123783554	-0.179393783805	-0.0645619403147	0.930256611174	0.038998248284	0.346331037864	255.360602277	23.3816008716	68.3853947713
19	5.93503419851	-0.739510466255	1.64926151844	2.54569690107	-1.18688059266	3.81535508151	0.356324977287	0.610163992118	-0.205278927202	-0.301706238316	-0.30203785958	-0.146413451972	0.78539248966	-0.441044163255	-0.0788115037284	0.69483273239	-0.181730961522	0.206489369806	0.547730916732	-0.0519840640477	0.627511541857	263.948171211	24.0766249343	76.2695982824

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 1 through 140 )	C	E	1 - 140	1 - 140
2	2	chain 'C' and (resid 141 through 216 )	C	E	141 - 216	141 - 216
3	3	chain 'C' and (resid 217 through 318 )	C	E	217 - 318	217 - 318
4	4	chain 'C' and (resid 319 through 408 )	C	E	319 - 408	319 - 408
5	5	chain 'C' and (resid 409 through 433 )	C	E	409 - 433	409 - 433
6	6	chain 'D' and (resid 1 through 160 )	D	G	1 - 160	1 - 160
7	7	chain 'D' and (resid 161 through 192 )	D	G	161 - 192	161 - 192
8	8	chain 'D' and (resid 193 through 433 )	D	G	193 - 433	193 - 433
9	9	chain 'A' and (resid 1 through 85 )	A	A	1 - 85	1 - 85
10	10	chain 'A' and (resid 86 through 109 )	A	A	86 - 109	86 - 109
11	11	chain 'A' and (resid 110 through 192 )	A	A	110 - 192	110 - 192
12	12	chain 'A' and (resid 193 through 229 )	A	A	193 - 229	193 - 229
13	13	chain 'A' and (resid 230 through 358 )	A	A	230 - 358	230 - 358
14	14	chain 'A' and (resid 359 through 408 )	A	A	359 - 408	359 - 408
15	15	chain 'A' and (resid 409 through 433 )	A	A	409 - 433	409 - 433
16	16	chain 'B' and (resid 1 through 85 )	B	C	1 - 85	1 - 85
17	17	chain 'B' and (resid 86 through 213 )	B	C	86 - 213	86 - 213
18	18	chain 'B' and (resid 214 through 303 )	B	C	214 - 303	214 - 303
19	19	chain 'B' and (resid 304 through 433 )	B	C	304 - 433	304 - 433

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)