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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bn2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ligand-binding domain (LBD) of human iGluR Delta-1 (GluD1) in complex with D-Serine | |||||||||
要素 | Glutamate receptor ionotropic, delta-1 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / ligand binding domain / glutamate receptor / D-Serine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / regulation of postsynapse organization / social behavior / GABA-ergic synapse / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / glutamatergic synapse ...glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / regulation of postsynapse organization / social behavior / GABA-ergic synapse / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / glutamatergic synapse / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Heroven, C. / Malinauskas, T. / Aricescu, A.R. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: GluD1 binds GABA and controls inhibitory plasticity. 著者: Piot, L. / Heroven, C. / Bossi, S. / Zamith, J. / Malinauskas, T. / Johnson, C. / Wennagel, D. / Stroebel, D. / Charrier, C. / Aricescu, A.R. / Mony, L. / Paoletti, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bn2.cif.gz | 390.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bn2.ent.gz | 267.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bn2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bn2_validation.pdf.gz | 824 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bn2_full_validation.pdf.gz | 826.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8bn2_validation.xml.gz | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bn2_validation.cif.gz | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bn2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bljC 8bn5C 2v3uS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31347.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRID1, KIAA1220 / プラスミド: pHR-CMV-TetO2 / 詳細 (発現宿主): transient transfection / Cell (発現宿主): epithelial-like / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI-/- / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): kidney; embryo / 参照: UniProt: Q9ULK0 #4: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 5種, 288分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-DSN / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM CaCl2 Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→87.95 Å / Num. obs: 59381 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 32.24 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2970 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.496 / % possible all: 51.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2V3U 解像度: 1.63→37.45 Å / SU ML: 0.2058 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.589 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→37.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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