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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bn1 | ||||||
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タイトル | The structures of Ace2 in complex with bicyclic peptide inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Cov-2-sars bind proteins | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 繊毛 / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / 小胞体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å | ||||||
データ登録者 | Brear, P. / Lulla, A. / Harman, M. / Dods, R. / Chen, L. / Bezerra, G. / Demydchuk, Y. / Stanway, S. / Hyvonen, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure-Guided Chemical Optimization of Bicyclic Peptide ( Bicycle ) Inhibitors of Angiotensin-Converting Enzyme 2. 著者: Harman, M.A.J. / Stanway, S.J. / Scott, H. / Demydchuk, Y. / Bezerra, G.A. / Pellegrino, S. / Chen, L. / Brear, P. / Lulla, A. / Hyvonen, M. / Beswick, P.J. / Skynner, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bn1.cif.gz | 260.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bn1.ent.gz | 207.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/8bn1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70587.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYF1 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1878.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25 %v/v PEGSH (Precipitant) 10 %v/v Glycerol (Precipitant) 0.2 M MgCl2 (Salt) 0.1 M TRIS 8 pH (Buffer) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月4日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.61→112.23 Å / Num. obs: 36877 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.349 / Rpim(I) all: 0.092 / Rrim(I) all: 0.361 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 679243 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | % possible all: 100
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R42 解像度: 2.61→58.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 34.689 / SU ML: 0.637 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.392 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.61→58.75 Å
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拘束条件 |
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