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- PDB-8bn0: Bacteroides thetaiotaomicron surface protein BT1954 bound to -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bn0
タイトルBacteroides thetaiotaomicron surface protein BT1954 bound to
要素Putative surface layer protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Surface exposed protein Beta propeller Vitamin B12 binding protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / COB(II)INAMIDE / CYANIDE ION / Surface layer protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Abellon-Ruiz, J. / Jana, K. / Silale, A. / Basle, A. / Kleinekathofer, U. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT 214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides.
著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg /
要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition for this keystone micronutrient is severe. Contrasting with Enterobacteria, members of the dominant genus Bacteroides often encode several BtuB vitamin B outer membrane transporters together with a conserved array of surface-exposed B-binding lipoproteins. Here we show that the BtuB transporters from Bacteroides thetaiotaomicron form stable, pedal bin-like complexes with surface-exposed BtuG lipoprotein lids, which bind B with high affinities. Closing of the BtuG lid following B capture causes destabilisation of the bound B by a conserved BtuB extracellular loop, causing translocation of the vitamin to BtuB and subsequent transport. We propose that TonB-dependent, lipoprotein-assisted small molecule uptake is a general feature of Bacteroides spp. that is important for the success of this genus in colonising the human gut.
履歴
登録2022年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative surface layer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6844
ポリマ－43,6321
非ポリマー1,0523
水7,458414
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.050, 79.050, 155.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Putative surface layer protein


分子量: 43632.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50
遺伝子: BT_1954 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6D0
#2: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CBY / COB(II)INAMIDE


分子量: 990.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H72CoN11O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.1M Na malonate pH7.0 0.1M HEPES pH 7.0 0.5% Jefamine ED2001 pH7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→43.3 Å / Num. obs: 113086 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 24.2 % / Biso Wilson estimate: 18.53 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.33→1.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 11000 / CC1/2: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
PHENIX1.20rc3_4406精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DSM

3dsm


解像度: 1.33→43.3 Å / SU ML: 0.1523 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.1931
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1672 5698 5.04 %
Rwork0.1411 107371 -
obs0.1424 113069 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→43.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2811 0 71 414 3296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35134074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1276418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.395410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.33-1.350.31951910.3143409X-RAY DIFFRACTION96.77
1.35-1.360.33341830.30653516X-RAY DIFFRACTION99.14
1.36-1.380.34791730.30213517X-RAY DIFFRACTION99.97
1.38-1.390.31131930.28313534X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.410.30831750.26163551X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.430.2511960.23673531X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.450.27861880.23153532X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.470.23252080.2083526X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.50.20761900.17913540X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.520.22682050.17593521X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.550.20352220.16183516X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.580.17031920.14023541X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.610.16541570.13673601X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.640.16071700.12793557X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.680.15571930.12473540X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.710.16421680.12133589X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.760.1651630.12273606X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.810.17342020.12993566X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.860.15472140.12343515X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.920.15231890.12473589X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.990.14781880.11463582X-RAY DIFFRACTION99.89
1.99-2.070.15121830.11913586X-RAY DIFFRACTION99.97
2.07-2.160.15121810.11943602X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.270.14541620.1283630X-RAY DIFFRACTION99.92
2.27-2.420.15672020.13013605X-RAY DIFFRACTION99.97
2.42-2.60.16481940.13863636X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.870.16372040.14813626X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.280.17831980.15083670X-RAY DIFFRACTION100
3.28-4.130.14492030.12553714X-RAY DIFFRACTION99.97
4.13-43.30.15412110.13363923X-RAY DIFFRACTION99.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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