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万見
- PDB-8bmw: SsoCsm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bmw
タイトルSsoCsm
要素
  • (CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III- ...) x 5
  • (CRISPR-associated protein ...) x 2
  • CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
  • RNA (48-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Sulfolobus / Type III CRISPR
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated RAMP TM1809 / Uncharacterised conserved protein UCP032748 / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Spagnolo, L. / White, M.F.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J005673/1 英国
European Research Council (ERC)101018608European Union
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of the type III-D CRISPR effector.
著者: Giuseppe Cannone / Dmytro Kompaniiets / Shirley Graham / Malcolm F White / Laura Spagnolo /
要旨: CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system, classified into six different types, each characterised by a signature protein. Type III systems, classified based on the presence of a Cas10 ...CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system, classified into six different types, each characterised by a signature protein. Type III systems, classified based on the presence of a Cas10 subunit, are rather diverse multi-subunit assemblies with a range of enzymatic activities and downstream ancillary effectors. The broad array of current biotechnological CRISPR applications is mainly based on proteins classified as Type II, however recent developments established the feasibility and efficacy of multi-protein Type III CRISPR-Cas effector complexes as RNA-targeting tools in eukaryotes. The crenarchaeon has two type III system subtypes (III-B and III-D). Here, we report the cryo-EM structure of the Csm Type III-D complex from (SsoCsm), which uses CRISPR RNA to bind target RNA molecules, activating the Cas10 subunit for antiviral defence. The structure reveals the complex organisation, subunit/subunit connectivity and protein/guide RNA interactions of the SsoCsm complex, one of the largest CRISPR effectors known.
履歴
登録2022年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
B: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
C: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
D: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
E: CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)
J: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
L: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
N: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
R: RNA (48-MER)
G: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
F: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
H: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
I: CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)
K: CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D)
M: CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,27515
ポリマ－424,27515
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III- ... , 5種, 7分子 JLNGFHI

#2: タンパク質 CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)


分子量: 30536.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T1A2
#3: タンパク質 CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)


分子量: 22781.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T2I3
#4: タンパク質 CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D)


分子量: 28961.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T1J6
#6: タンパク質 CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated RAMP protein


分子量: 27715.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T0X8
#7: タンパク質 CRISPR-associated Cas7 paralog (Type III-D) / CRISPR-associated RAMP protein


分子量: 31226.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T120

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CRISPR-associated protein ... , 2種, 2分子 KM

#8: タンパク質 CRISPR-associated protein Cas10 (Type III-D)


分子量: 94935.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T112
#9: タンパク質 CRISPR-associated protein Cas5 (Type III-D)


分子量: 34497.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T1I2

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ABCDER

#1: タンパク質
CRISPR-associated small subunit protein (Type III-D)


分子量: 15971.459 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 参照: UniProt: A0A157T170
#5: RNA鎖 RNA (48-MER)


分子量: 14821.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharolobus solfataricus (古細菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SsoCsm / タイプ: COMPLEX / 詳細: Type III-D CRISPR system / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影電子線照射量: 34 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192787 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00329237
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.42739593
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.2194386
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0384524
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0024852

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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