PDB-8blm: Structure of RutB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8blm

タイトル

Structure of RutB

要素

Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ureidoacrylate amidohydrolase / uracil catabolic process / nitrogen utilization / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rajendran, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Ureidoacrylate Amidohydrolase RutB from Escherichia coli .
著者: Busch, M.R. / Rajendran, C. / Sterner, R.

履歴

登録	2022年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.details
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8blm.cif.gz	682.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8blm.ent.gz	564.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8blm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8blm_validation.pdf.gz	557.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8blm_full_validation.pdf.gz	622.3 KB	表示
XML形式データ	8blm_validation.xml.gz	133.2 KB	表示
CIF形式データ	8blm_validation.cif.gz	185.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8blm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8blm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bkdC 8bllC 8blnC 8bywC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

B: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

C: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

D: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

E: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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G: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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404 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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I: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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L: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.592, 110.890, 128.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ureidoacrylate amidohydrolase RutB 分子量: 25229.562 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: rutB, EcDH1_2631, ECDH1ME8569_0965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QZ65, ureidoacrylate amidohydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.67 Å / Num. obs: 221505 / % possible obs: 83.44 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 714 / CC_1/2: 0.196

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13-2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.9→47.67 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.93 / 位相誤差: 44.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	21360	5.01 %
R_work	0.2633	-	-
obs	0.266	221197	81.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27284	0	0	1232	28516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	28063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.943	38285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.961	3752
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	4278
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	5004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.7035	2	0.5205	43	X-RAY DIFFRACTION	0
1.92-1.94	0.8126	7	0.556	113	X-RAY DIFFRACTION	1
1.94-1.97	0.7583	30	0.5329	535	X-RAY DIFFRACTION	3
1.97-1.99	0.5202	100	0.4467	1766	X-RAY DIFFRACTION	11
1.99-2.02	0.4533	197	0.4537	3625	X-RAY DIFFRACTION	22
2.02-2.05	0.459	593	0.3965	11363	X-RAY DIFFRACTION	69
2.05-2.07	0.4016	865	0.3545	16491	X-RAY DIFFRACTION	99
2.07-2.11	0.3848	867	0.3684	16450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.14	0.3964	879	0.3636	16552	X-RAY DIFFRACTION	99
2.14-2.17	0.3785	871	0.3411	16466	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.21	0.4921	827	0.4167	15577	X-RAY DIFFRACTION	94
2.21-2.25	0.589	732	0.4661	13691	X-RAY DIFFRACTION	82
2.25-2.29	0.3791	863	0.3477	16356	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.34	0.3768	867	0.303	16364	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.39	0.3631	868	0.306	16412	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.45	0.365	857	0.2988	16236	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.51	0.3371	857	0.2848	16417	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.58	0.3617	871	0.2834	16471	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.65	0.3577	865	0.2822	16427	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.74	0.3404	851	0.2804	16238	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-2.84	0.3181	866	0.2784	16356	X-RAY DIFFRACTION	98
2.84-2.95	0.3423	852	0.2709	16253	X-RAY DIFFRACTION	98
2.95-3.08	0.3276	854	0.2775	16221	X-RAY DIFFRACTION	98
3.08-3.25	0.3378	860	0.2659	16253	X-RAY DIFFRACTION	98
3.25-3.45	0.3122	845	0.2577	16171	X-RAY DIFFRACTION	97
3.45-3.72	0.3231	838	0.2494	15909	X-RAY DIFFRACTION	96
3.72-4.09	0.2547	836	0.2079	15974	X-RAY DIFFRACTION	96
4.09-4.68	0.2264	836	0.1811	15899	X-RAY DIFFRACTION	95
4.68-5.9	0.2395	856	0.1822	16261	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9-47.67	0.2181	848	0.1882	16204	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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