PDB-8bln: Structure of RutB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bln

タイトル

Structure of RutB

要素

Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ureidoacrylate amidohydrolase / uracil catabolic process / nitrogen utilization / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Rajendran, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Ureidoacrylate Amidohydrolase RutB from Escherichia coli .
著者: Busch, M.R. / Rajendran, C. / Sterner, R.

履歴

登録	2022年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.details / _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bln.cif.gz	439 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bln.ent.gz	288.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8bln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8bln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bkdC 8bllC 8blmC 8bywC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

B: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

C: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

D: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

E: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

F: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

G: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

H: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

202 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

H: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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2

B: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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4

D: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

E: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.115, 125.107, 123.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.215, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Ureidoacrylate amidohydrolase RutB 分子量: 25228.578 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rutB, EcDH1_2631, ECDH1ME8569_0965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QZ65, ureidoacrylate amidohydrolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→41.08 Å / Num. obs: 139409 / % possible obs: 97.77 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.35 Å² / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.25
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / Num. unique obs: 13587 / CC_1/2: 0.584

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc2_3793	精密化
PHENIX	1.18rc2_3793	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: WT model

解像度: 1.88→41 Å / SU ML: 0.3402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.7994
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2963	13754	5.01 %
R_work	0.2504	261050	-
obs	0.2527	139409	97.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13654	0	0	899	14553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	14010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8987	19115
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0532	2139
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	2498
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.052	1874

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.9	0.4105	399	0.3739	7592	X-RAY DIFFRACTION	85.28
1.9-1.92	0.3773	452	0.3425	8544	X-RAY DIFFRACTION	95.83
1.92-1.94	0.3836	461	0.334	8693	X-RAY DIFFRACTION	96.3
1.94-1.97	0.3637	456	0.3242	8731	X-RAY DIFFRACTION	97.37
1.97-2	0.3628	451	0.3148	8601	X-RAY DIFFRACTION	96.09
2-2.02	0.3636	463	0.311	8769	X-RAY DIFFRACTION	97.55
2.02-2.05	0.3486	462	0.3118	8684	X-RAY DIFFRACTION	97.15
2.05-2.08	0.3667	460	0.3073	8703	X-RAY DIFFRACTION	96.54
2.08-2.11	0.3559	451	0.2947	8691	X-RAY DIFFRACTION	98.2
2.11-2.15	0.339	459	0.2945	8736	X-RAY DIFFRACTION	96.27
2.15-2.19	0.3442	462	0.2887	8750	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.19-2.23	0.341	456	0.2851	8743	X-RAY DIFFRACTION	96.63
2.23-2.27	0.3402	459	0.2857	8701	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.27-2.32	0.3316	464	0.2812	8784	X-RAY DIFFRACTION	96.95
2.32-2.37	0.3345	459	0.2758	8707	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.37-2.42	0.3339	463	0.2677	8762	X-RAY DIFFRACTION	96.55
2.42-2.48	0.304	462	0.2653	8700	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.48-2.55	0.3407	461	0.2706	8828	X-RAY DIFFRACTION	97.46
2.55-2.62	0.3424	465	0.2697	8817	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.62-2.71	0.2981	463	0.2602	8769	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.71-2.8	0.3383	455	0.2689	8716	X-RAY DIFFRACTION	97.18
2.81-2.92	0.3065	464	0.2633	8748	X-RAY DIFFRACTION	97.61
2.92-3.05	0.3308	465	0.2586	8827	X-RAY DIFFRACTION	98.41
3.05-3.21	0.3021	465	0.261	8858	X-RAY DIFFRACTION	98.62
3.21-3.41	0.2883	465	0.2448	8781	X-RAY DIFFRACTION	98.07
3.41-3.68	0.2715	460	0.2252	8768	X-RAY DIFFRACTION	98.12
3.68-4.04	0.2403	466	0.2131	8766	X-RAY DIFFRACTION	97.91
4.04-4.63	0.2098	454	0.187	8637	X-RAY DIFFRACTION	96.55
4.63-5.83	0.2414	466	0.1849	8852	X-RAY DIFFRACTION	98.34
5.83-41	0.2177	466	0.1866	8792	X-RAY DIFFRACTION	98.35

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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