PDB-8bll: Structure of RutB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bll

タイトル

Structure of RutB

要素

Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

ureidoacrylate amidohydrolase / uracil catabolic process / nitrogen utilization / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Rajendran, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Ureidoacrylate Amidohydrolase RutB from Escherichia coli .
著者: Busch, M.R. / Rajendran, C. / Sterner, R.

履歴

登録	2022年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bll.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bll.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8bll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/8bll	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.456, 108.609, 124.341
Angle α, β, γ (deg.)	85.66, 83.22, 74.34
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Ureidoacrylate amidohydrolase RutB 分子量: 25213.498 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: rutB, EcDH1_2631, ECDH1ME8569_0965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QZ65, ureidoacrylate amidohydrolase
#2: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→47 Å / Num. obs: 472783 / % possible obs: 87.81 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.45 Å² / CC_1/2: 0.974 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.54→1.59 Å / Num. unique obs: 47452 / CC_1/2: 0.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc2_3793	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→47 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	42915	5 %
R_work	0.2072	-	-
obs	0.209	472783	83.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27420	0	128	3314	30862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	28244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.122	38498
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.152	3758
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	4288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	5054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.56	0.3706	1433	0.3467	27100	X-RAY DIFFRACTION	84
1.56-1.58	0.3486	1542	0.3243	29411	X-RAY DIFFRACTION	90
1.58-1.6	0.3269	1548	0.3204	29597	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6-1.62	0.3474	1583	0.3187	29953	X-RAY DIFFRACTION	92
1.62-1.64	0.3465	1567	0.314	29794	X-RAY DIFFRACTION	92
1.64-1.66	0.3145	1582	0.2949	30126	X-RAY DIFFRACTION	93
1.66-1.68	0.3167	1578	0.2802	30099	X-RAY DIFFRACTION	93
1.68-1.71	0.3177	1594	0.2745	30228	X-RAY DIFFRACTION	93
1.71-1.74	0.3107	1595	0.2708	30417	X-RAY DIFFRACTION	93
1.74-1.76	0.304	1596	0.2698	30241	X-RAY DIFFRACTION	93
1.76-1.79	0.291	1594	0.2475	30321	X-RAY DIFFRACTION	94
1.79-1.83	0.269	1612	0.2257	30618	X-RAY DIFFRACTION	94
1.83-1.86	0.3293	1477	0.2806	28027	X-RAY DIFFRACTION	87
1.86-1.9	0.6571	711	0.5658	13378	X-RAY DIFFRACTION	41
1.9-1.94	0.6862	207	0.604	3959	X-RAY DIFFRACTION	12
1.94-1.99	0.4725	1034	0.4275	19738	X-RAY DIFFRACTION	61
1.99-2.04	0.2466	1580	0.2039	30172	X-RAY DIFFRACTION	93
2.04-2.09	0.23	1608	0.1893	30760	X-RAY DIFFRACTION	95
2.09-2.15	0.2256	1617	0.1836	30824	X-RAY DIFFRACTION	95
2.15-2.22	0.3748	1215	0.3478	23011	X-RAY DIFFRACTION	71
2.22-2.3	0.6298	499	0.5082	9540	X-RAY DIFFRACTION	29
2.3-2.39	0.2215	1540	0.1754	29208	X-RAY DIFFRACTION	90
2.39-2.5	0.2042	1614	0.1597	30788	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5-2.63	0.1964	1627	0.1539	30902	X-RAY DIFFRACTION	95
2.63-2.8	0.198	1629	0.1576	31029	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8-3.02	0.208	1623	0.157	30991	X-RAY DIFFRACTION	95
3.02-3.32	0.2026	1629	0.1732	30815	X-RAY DIFFRACTION	95
3.32-3.8	0.2608	1291	0.2241	24269	X-RAY DIFFRACTION	75
3.8-4.79	0.1497	1518	0.1285	28884	X-RAY DIFFRACTION	89
4.79-47	0.1764	1672	0.1518	31558	X-RAY DIFFRACTION	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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