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- PDB-8bkd: structure of RutB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bkd
タイトルstructure of RutB
要素Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ureidoacrylate amidohydrolase / uracil catabolic process / nitrogen utilization / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides
類似検索 - 分子機能
Ureidoacrylate amidohydrolase RutB / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Rajendran, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Ureidoacrylate Amidohydrolase RutB from Escherichia coli .
著者: Busch, M.R. / Rajendran, C. / Sterner, R.
履歴
登録2022年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
B: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
C: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
D: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
E: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
F: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
G: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
H: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
I: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
J: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
K: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
L: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
M: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
N: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
O: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
P: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)407,73124
ポリマ－406,67416
非ポリマー1,0578
水88,5084913
1
A: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
C: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9663
ポリマ－50,8342
非ポリマー1321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
2
B: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
D: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9663
ポリマ－50,8342
非ポリマー1321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
3
E: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB

O: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8342
ポリマ－50,8342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area3670 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
4
F: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
P: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9663
ポリマ－50,8342
非ポリマー1321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
5
G: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子

I: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9663
ポリマ－50,8342
非ポリマー1321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area4080 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
6
H: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
J: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0994
ポリマ－50,8342
非ポリマー2642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
7
K: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
M: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9663
ポリマ－50,8342
非ポリマー1321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15960 Å2
手法PISA
8
L: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB
ヘテロ分子

N: Ureidoacrylate amidohydrolase RutB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9663
ポリマ－50,8342
非ポリマー1321
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.920, 111.610, 128.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Ureidoacrylate amidohydrolase RutB


分子量: 25417.145 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: ATCC 33849 / DSM 4235 / NCIMB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: rutB, EcDH1_2631, ECDH1ME8569_0965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QZ65, ureidoacrylate amidohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-URP / N-(AMINOCARBONYL)-BETA-ALANINE / N-CARBAMYL-BETA-ALANINE / BETA-UREIDOPROPIONATE / N-カルバモイル-β-アラニン


分子量: 132.118 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→48.22 Å / Num. obs: 661819 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.03
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 64589 / CC1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→48.22 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 2001 0.3 %
Rwork0.1687 --
obs0.1688 661493 98.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27547 0 72 4913 32532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00528331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79238635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1123801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0764312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.430.34241510.301445777X-RAY DIFFRACTION96
1.43-1.470.34191120.277346302X-RAY DIFFRACTION97
1.47-1.520.3111520.257646513X-RAY DIFFRACTION97
1.52-1.570.28121550.222846556X-RAY DIFFRACTION97
1.57-1.620.25481380.192146725X-RAY DIFFRACTION98
1.62-1.690.23511390.17646891X-RAY DIFFRACTION98
1.69-1.760.25381370.170547008X-RAY DIFFRACTION98
1.76-1.860.21131420.162747156X-RAY DIFFRACTION98
1.86-1.970.22371470.159547300X-RAY DIFFRACTION99
1.97-2.130.18961430.151747469X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.340.19251530.154147597X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.680.21241400.161247784X-RAY DIFFRACTION100
2.68-3.370.19551450.161347974X-RAY DIFFRACTION100
3.37-48.220.18141470.150548440X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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