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万見
- PDB-8bk3: Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 from Mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bk3
タイトルCrystal structure of the transpeptidase LdtMt2 from Mycobacterium tuberculosis in complex with diepoxide ketone 1
要素L,D-transpeptidase 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / L / D-transpeptidase / LdtMt2 / Inhibitor / Covalent
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region ...peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / 1-[(2~{S},3~{R})-3-phenyloxiran-2-yl]ethanone / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者de Munnik, M. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2023
タイトル: alpha beta , alpha ' beta '-Diepoxyketones are mechanism-based inhibitors of nucleophilic cysteine enzymes.
著者: de Munnik, M. / Lithgow, J. / Brewitz, L. / Christensen, K.E. / Bates, R.H. / Rodriguez-Miquel, B. / Schofield, C.J.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase 2
B: L,D-transpeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,73911
ポリマ－76,0182
非ポリマー7219
水13,385743
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area31150 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.933, 95.057, 75.535
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2)


分子量: 38009.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ldtB, MT2594, V735_02606 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O53223, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 752分子

#2: 化合物 ChemComp-QXU / 1-[(2~{S},3~{R})-3-phenyloxiran-2-yl]ethanone / (2S)-2α-アセチル-3β-フェニルオキシラン


分子量: 162.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→75.47 Å / Num. obs: 46881 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.15-2.1971.3511.123070.7090.5591.4999.9
5.84-75.527.30.0593824210.9250.0260.064100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.19 Å75.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RRM

6rrm


解像度: 2.15→75.46 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 2279 4.92 %
Rwork0.216 --
obs0.2178 46328 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→75.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5250 0 46 743 6039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5947575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3121907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.32371240.29932751X-RAY DIFFRACTION99
2.2-2.250.50241490.46052500X-RAY DIFFRACTION91
2.25-2.30.48921410.40992610X-RAY DIFFRACTION94
2.3-2.370.3491360.29072772X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.440.30331470.27592776X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.510.30451380.26972752X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.60.36151240.26982761X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.710.28481430.24742773X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.830.29271390.23432783X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.980.27031330.22142788X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.170.25111360.21332803X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.410.21741480.18452787X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.750.21610.18762755X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.30.18961560.1552792X-RAY DIFFRACTION100
4.3-5.410.19421540.14422796X-RAY DIFFRACTION100
5.42-75.460.2111500.19132850X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60430.0209-0.76060.8571.24674.65260.07280.1795-0.0448-0.18440.1074-0.0339-0.13260.1376-0.17390.22040.051-0.02140.25860.00680.222210.514-103.157717.2449
22.67610.02181.13011.3498-0.06012.25060.0671-0.28040.04670.1245-0.1028-0.0961-0.07960.03920.0360.2318-0.00890.04650.2310.00220.156913.309-92.139854.5374
30.60760.22290.72513.2445-1.79383.9767-0.0402-0.04910.1141-0.20970.04630.05350.0221-0.2141-0.00370.17250.00970.03250.1743-0.02740.2108-11.7435-80.3157-32.2604
40.51240.39720.36270.26050.1364.23450.08560.0924-0.03910.07270.0766-0.08380.08520.2696-0.15120.26150.1147-0.02040.3324-0.02530.234-10.7207-91.9173.8027
54.2141-0.7375-1.24010.48770.05680.52470.11280.5519-0.1269-0.1471-0.13210.11860.1441-0.77820.02010.370.002-0.07170.5923-0.02190.2156-24.3728-94.879813.4155
63.9070.2193-0.29280.1713-0.58092.47170.12140.2075-0.4685-0.1918-0.05940.15750.3325-0.4357-0.04760.36840.0081-0.05290.3204-0.06270.3169-27.4459-98.888418.1495
72.74141.72530.00085.38712.0320.96450.1461-0.2731-0.06480.4167-0.28290.09070.1468-0.37780.13470.34040.0005-0.01910.404-0.01880.183-20.9725-93.56226.2466
80.89860.4607-0.52810.92680.95465.69030.20820.3337-0.2483-0.0308-0.0703-0.08080.57270.4618-0.10640.42540.174-0.08320.4372-0.08580.2638-8.4939-99.51748.7602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 57 through 248 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 249 through 407 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 57 through 157 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 158 through 289 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 290 through 308 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 309 through 341 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 342 through 368 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 369 through 407 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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