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万見
- PDB-8bjk: X-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bjk
タイトルX-ray structure of Danio rerio histone deacetylase 6 (HDAC6) CD2 in complex with an inhibitor CPD11352
要素Histone deacetylase 6HDAC6
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HISTONE DEACETYLASE (ヒストン脱アセチル化酵素) / DEACETYLATION (アセチル化) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / 血管新生 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-QXF / HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Barinka, C. / Motlova, L. / Pavlicek, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Comprehensive Mechanistic View of the Hydrolysis of Oxadiazole-Based Inhibitors by Histone Deacetylase 6 (HDAC6).
著者: Motlova, L. / Snajdr, I. / Kutil, Z. / Andris, E. / Ptacek, J. / Novotna, A. / Novakova, Z. / Havlinova, B. / Tueckmantel, W. / Draberova, H. / Majer, P. / Schutkowski, M. / Kozikowski, A. / ...著者: Motlova, L. / Snajdr, I. / Kutil, Z. / Andris, E. / Ptacek, J. / Novotna, A. / Novakova, Z. / Havlinova, B. / Tueckmantel, W. / Draberova, H. / Majer, P. / Schutkowski, M. / Kozikowski, A. / Rulisek, L. / Barinka, C.
履歴
登録2022年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3985
ポリマ－39,8991
非ポリマー4984
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area13080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.490, 83.780, 94.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6 / HDAC6


分子量: 39899.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F8W4B7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-QXF / ~{N}-[[5-(aminocarbamoyl)pyridin-2-yl]methyl]-~{N}-(3-chlorophenyl)methanesulfonamide


分子量: 354.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15ClN4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 19% PEG 3350 (SIGMA-ALDRICH), 0.2 M KSCN (HAMPTON RESEARCH), 0.1 M BIS-TRIS Ph 6.5 (SIGMA-ALDRICH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→62.64 Å / Num. obs: 90048 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4356 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.923 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6r0k

6r0k


解像度: 1.35→62.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.446 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 4531 5 %RANDOM
Rwork0.16807 ---
obs0.17002 85454 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→62.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2751 0 26 369 3146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.9394003
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5775376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41123.259135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74215472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1781521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2331.2231459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4721.8291835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9141.4231479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.80811.4394898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.46232938
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.0915129
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.42153102
LS精密化 シェル解像度: 1.351→1.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 327 -
Rwork0.333 6218 -
obs--99.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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