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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bj3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Medicago truncatula histidinol-phosphate aminotransferase (HISN6) in complex with histidinol-phosphate | ||||||
要素 | histidinol-phosphate aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HISN6 / histidinol-phosphate aminotransferase / aminotransferase / plant / HOLP / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidinol-phosphate transaminase / histidinol-phosphate transaminase activity / L-histidine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å | ||||||
データ登録者 | Rutkiewicz, M. / Ruszkowski, M. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2023 タイトル: Insights into the substrate specificity, structure, and dynamics of plant histidinol-phosphate aminotransferase (HISN6). 著者: Rutkiewicz, M. / Nogues, I. / Witek, W. / Angelaccio, S. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bj3.cif.gz | 316.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bj3.ent.gz | 254.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bj3_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bj3_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bj3_validation.xml.gz | 36.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bj3_validation.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bj3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bj1C 8bj2C 8bj4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40481.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A072U7F9 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium acetate; 0.1M BIS_TRIS pH6.5; 25% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.61→54.38 Å / Num. obs: 98009 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.139 % / Biso Wilson estimate: 19.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 18.61 / Num. measured all: 405627 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MtHISN6_open 解像度: 1.61→54.38 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.88 Å2 / Biso mean: 23.2169 Å2 / Biso min: 11.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.61→54.38 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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