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- PDB-8bj0: Crystal structure of Scribble PDZ1 with PTHR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bj0
タイトルCrystal structure of Scribble PDZ1 with PTHR
要素
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • Protein scribble homolog
キーワードPROTEIN BINDING / Scribble / PTHR / PDZ domain / cell polarity
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / parathyroid hormone receptor activity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / parathyroid hormone receptor activity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / protein localization to adherens junction / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / G protein-coupled peptide receptor activity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / bone mineralization / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / chondrocyte differentiation / signaling adaptor activity / cell maturation / bone resorption / Asymmetric localization of PCP proteins / skeletal system development / neural tube closure / adherens junction / wound healing / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell adhesion / intracellular calcium ion homeostasis / : / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / presynapse / cell junction / lamellipodium / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / in utero embryonic development / cell population proliferation / postsynaptic density / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / : / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stewart, B.Z. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Scribble PDZ1 with human papillomavirus strain 16 E6 peptide
著者: Stewart, B.Z. / Caria, S. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2022年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
B: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1693
ポリマ－11,1342
非ポリマー351
水1448
1
A: Protein scribble homolog
B: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
ヘテロ分子

A: Protein scribble homolog
B: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3386
ポリマ－22,2674
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y,-z+3/41
Buried area3820 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.454, 82.454, 59.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / Scribble / hScrib / Protein LAP4


分子量: 10082.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor


分子量: 1051.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q03431
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 5.8, 53% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→41.27 Å / Num. obs: 3144 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 68.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.694 Å / Num. unique obs: 313 / CC1/2: 0.926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWI

5vwi


解像度: 2.6→31.37 Å / SU ML: 0.2527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1402
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2852 180 5.74 %
Rwork0.2768 2955 -
obs0.2775 3135 92.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 1 8 739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5181998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4276275
LS精密化 シェル解像度: 2.6→31.37 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2852 180 -
Rwork0.2768 2955 -
obs--92.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.7152516996 Å / Origin y: -1.73178536196 Å / Origin z: 10.9191120726 Å
111213212223313233
T0.623167792179 Å2-0.23642342894 Å2-0.17194997817 Å2-0.910768864893 Å20.0286313670069 Å2--0.436613869362 Å2
L9.72375091498 °2-0.586740998034 °24.83986852308 °2-8.22193087223 °2-1.02906057804 °2--7.95055735606 °2
S-0.9533183873 Å °0.889338833528 Å °0.772900136938 Å °-0.248889829504 Å °0.623895110151 Å °-0.381646649461 Å °-1.22952098051 Å °0.55221451446 Å °0.152143113421 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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