PDB-8bhf: Cryo-EM structure of stalled rabbit 80S ribosomes in complex with...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8bhf

タイトル

Cryo-EM structure of stalled rabbit 80S ribosomes in complex with human CCR4-NOT and CNOT4

要素

(40S ribosomal protein ...) x 18
(60S ribosomal protein ...) x 32
(Ribosomal protein ...) x 21
18S ribosomal RNA
28S ribosomal RNA
40S_SA_C domain-containing protein
5.8S ribosomal RNA
5S ribosomal RNA
60S acidic ribosomal protein P0
CCR4-NOT transcription complex subunit 3
P-site tRNA
Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein
TRASH domain-containing protein
Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ubiquitin-like domain-containing protein
mRNA
nascent chain

キーワード

RIBOSOME / translational control / mRNA decay / deadenylation / ribosome stalling / human CCR4-NOT

機能・相同性

機能・相同性情報

CCR4-NOT core complex / ribosomal subunit / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / protein-RNA complex assembly / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus ...CCR4-NOT core complex / ribosomal subunit / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / phagocytic cup / protein-RNA complex assembly / rough endoplasmic reticulum / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / P-body / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / defense response to Gram-negative bacterium / perikaryon / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cell differentiation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / cell division / DNA repair / mRNA binding / apoptotic process / synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5 / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain ...CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5 / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / S25 ribosomal protein / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L6e / : / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L7A/L8 / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性

: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L36 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein SA / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Absmeier, E. / Chandrasekaran, V. / O'Reilly, F.J. / Stowell, J.A.W. / Rappsilber, J. / Passmore, L.A.

資金援助

英国,

ドイツ, 5件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_U105192715	英国
German Research Foundation (DFG)	429892960	ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MC_U105184332	英国
Wellcome Trust	WT096570	英国
Wellcome Trust	203149	英国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of stalled rabbit 80S ribosomes in complex with human CCR4-NOT and CNOT4
著者: Gangwar, S.P. / Yen, L.Y. / Yelshanskaya, M.V. / Korman, A. / Jones, D.R. / Sobolevsky, A.I.

履歴

登録	2022年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.4	2025年7月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・詳細版	8bhf_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
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CIF形式データ	8bhf_validation.cif.gz	676 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bhf	HTTPS FTP

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チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)

登録構造単位

A1: Ribosomal protein L15

B1: 60S ribosomal protein L13a

C1: 60S ribosomal protein L17

D1: Ribosomal protein L18

E1: Ribosomal protein L19

F1: 60S ribosomal protein L18a

G1: 60S ribosomal protein L21

H1: 60S ribosomal protein L22

I1: 60S ribosomal protein L23

J1: TRASH domain-containing protein

K1: Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein

L1: Ribosomal protein L26

M1: 60S ribosomal protein L27

N1: 60S ribosomal protein L27a

O1: 60S ribosomal protein L29

P1: 60S ribosomal protein L30

Q1: 60S ribosomal protein L31

R1: Ribosomal protein L32

S1: 60S ribosomal protein L35a

T1: 60S ribosomal protein L34

U1: 60S ribosomal protein L35

V1: 60S ribosomal protein L36

W1: Ribosomal protein L37

X1: 60S ribosomal protein L38

Y1: 60S ribosomal protein L39-like

Z1: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

a1: 60S ribosomal protein L41

b1: Ribosomal protein L36a like

c1: 60S ribosomal protein L37a

d1: 60S ribosomal protein L28

e1: 60S acidic ribosomal protein P0

f1: 60S ribosomal protein L12

l1: 60S ribosomal protein L10a

m1: mRNA

n1: CCR4-NOT transcription complex subunit 3

21: P-site tRNA

11: nascent chain

A2: 28S ribosomal RNA

B2: 5S ribosomal RNA

C2: 5.8S ribosomal RNA

A3: 18S ribosomal RNA

B3: 40S_SA_C domain-containing protein

C3: 40S ribosomal protein S3a

D3: 40S ribosomal protein S2

E3: Ribosomal protein S3

F3: 40S ribosomal protein S4

G3: Ribosomal protein S5

H3: 40S ribosomal protein S6

I3: 40S ribosomal protein S7

J3: 40S ribosomal protein S8

K3: Ribosomal protein S9 (Predicted)

L3: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein

M3: 40S ribosomal protein S11

N3: 40S ribosomal protein S12

O3: ribosomal protein uS15

P3: Ribosomal protein S14

Q3: 40S ribosomal protein S15

R3: Ribosomal protein S16

S3: 40S ribosomal protein S17

T3: 40S ribosomal protein S18

U3: 40S ribosomal protein S19

V3: Ribosomal protein S20

W3: 40S ribosomal protein S21

X3: Ribosomal protein S15a

Y3: Ribosomal protein S23

Z3: 40S ribosomal protein S24

a3: 40S ribosomal protein S25

b3: 40S ribosomal protein S26

c3: 40S ribosomal protein S27

d3: Ribosomal protein S28

e3: 40S ribosomal protein S29

f3: Ubiquitin-like domain-containing protein

g3: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

h3: Ribosomal protein RACK1

j3: 60S ribosomal protein L8

k3: Ribosomal protein L3

l3: 60S ribosomal protein L4

m3: 60S ribosomal protein L5

n3: 60S ribosomal protein L6

o3: 60S ribosomal protein L7

p3: 60S ribosomal protein L7a

q3: 60S ribosomal protein L9

r3: Ribosomal protein L10

s3: 60S ribosomal protein L11

t3: 60S ribosomal protein L13

u3: 60S ribosomal protein L14

ヘテロ分子

3.71 MDa, 86 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

+
Ribosomal protein ... , 21種, 21分子 A1D1E1K1L1R1W1b1E3G3K3O3P3R3V3X3Y3d3h3k3r3

#1: タンパク質	Ribosomal protein L15 分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T0C1
#4: タンパク質	Ribosomal protein L18 分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#5: タンパク質	Ribosomal protein L19 分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TYL6
#11: タンパク質	Ribosomal protein L23/L25 N-terminal domain-containing protein 分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE76
#12: タンパク質	Ribosomal protein L26 分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SQH0
#18: タンパク質	Ribosomal protein L32 分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U437
#23: タンパク質	Ribosomal protein L37 分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KPD5
#28: タンパク質	Ribosomal protein L36a like 分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T040
#45: タンパク質	Ribosomal protein S3 分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TNM3
#47: タンパク質	Ribosomal protein S5 分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5
#51: タンパク質	Ribosomal protein S9 (Predicted) 分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZS8
#55: タンパク質	ribosomal protein uS15 分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SP51
#56: タンパク質	Ribosomal protein S14 分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T1F0
#58: タンパク質	Ribosomal protein S16 分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGX4
#62: タンパク質	Ribosomal protein S20 分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#64: タンパク質	Ribosomal protein S15a 分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TG89
#65: タンパク質	Ribosomal protein S23 分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ47
#70: タンパク質	Ribosomal protein S28 分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TIB4
#74: タンパク質	Ribosomal protein RACK1 分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4
#76: タンパク質	Ribosomal protein L3 分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TL06
#83: タンパク質	Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10 (Predicted) 分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 B1C1F1G1H1I1M1N1O1P1Q1S1T1U1V1X1Y1a1c1d1f1l1j3l3m3n3o3p3q3s3t3u3

#2: タンパク質	60S ribosomal protein L13a 分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#3: タンパク質	60S ribosomal protein L17 分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SCJ6
#6: タンパク質	60S ribosomal protein L18a 分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#7: タンパク質	60S ribosomal protein L21 分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHQ2
#8: タンパク質	60S ribosomal protein L22 分子量: 11495.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#9: タンパク質	60S ribosomal protein L23 分子量: 14761.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#13: タンパク質	60S ribosomal protein L27 分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXF6
#14: タンパク質	60S ribosomal protein L27a 分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SNY0
#15: タンパク質	60S ribosomal protein L29 分子量: 13401.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SGR6
#16: タンパク質	60S ribosomal protein L30 分子量: 10914.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDL2
#17: タンパク質	60S ribosomal protein L31 分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SHG0
#19: タンパク質	60S ribosomal protein L35a 分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SF08
#20: タンパク質	60S ribosomal protein L34 分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TXG5
#21: タンパク質	60S ribosomal protein L35 分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SIT5
#22: タンパク質	60S ribosomal protein L36 分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TBH2
#24: タンパク質	60S ribosomal protein L38 分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U001
#25: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L39-like 分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TTN1
#27: タンパク質・ペプチド	60S ribosomal protein L41 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4
#29: タンパク質	60S ribosomal protein L37a 分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SY53
#30: タンパク質	60S ribosomal protein L28 分子量: 14220.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7L1
#32: タンパク質	60S ribosomal protein L12 分子量: 16561.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMR7
#33: タンパク質	60S ribosomal protein L10a 分子量: 23599.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#75: タンパク質	60S ribosomal protein L8 分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#77: タンパク質	60S ribosomal protein L4 分子量: 41101.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SVW5
#78: タンパク質	60S ribosomal protein L5 分子量: 34077.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6
#79: タンパク質	60S ribosomal protein L6 分子量: 28818.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SKF7
#80: タンパク質	60S ribosomal protein L7 分子量: 26658.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SV32
#81: タンパク質	60S ribosomal protein L7a 分子量: 27351.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1STW0
#82: タンパク質	60S ribosomal protein L9 分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SWI6
#84: タンパク質	60S ribosomal protein L11 分子量: 19399.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TUB8
#85: タンパク質	60S ribosomal protein L13 分子量: 24200.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TKB3
#86: タンパク質	60S ribosomal protein L14 分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZ12

-
タンパク質 , 8種, 8分子 J1Z1e1n1B3L3f3g3

#10: タンパク質	TRASH domain-containing protein 分子量: 12267.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#26: タンパク質	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#31: タンパク質	60S acidic ribosomal protein P0 分子量: 21521.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SPK4
#35: タンパク質	CCR4-NOT transcription complex subunit 3 / cDNA FLJ61662 / highly similar to CCR4-NOT transcription complex subunit 3 分子量: 28090.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT3 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: B7Z6J7
#42: タンパク質	40S_SA_C domain-containing protein 分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJH8
#52: タンパク質	Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein 分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TPV3
#72: タンパク質	Ubiquitin-like domain-containing protein 分子量: 6512.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A5F9D9G5
#73: タンパク質	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a 分子量: 7986.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SK22

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 m121A2B2C2A3

#34: RNA鎖	mRNA 分子量: 896.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#36: RNA鎖	P-site tRNA 分子量: 24456.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#38: RNA鎖	28S ribosomal RNA 分子量: 1634382.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#39: RNA鎖	5S ribosomal RNA 分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_4
#40: RNA鎖	5.8S ribosomal RNA 分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: 4CXE_3
#41: RNA鎖	18S ribosomal RNA 分子量: 547733.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 11

#37: タンパク質・ペプチド	nascent chain 分子量: 501.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 C3D3F3H3I3J3M3N3Q3S3T3U3W3Z3a3b3c3e3

#43: タンパク質	40S ribosomal protein S3a 分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SS70
#44: タンパク質	40S ribosomal protein S2 分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#46: タンパク質	40S ribosomal protein S4 分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TK17
#48: タンパク質	40S ribosomal protein S6 分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM55
#49: タンパク質	40S ribosomal protein S7 分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#50: タンパク質	40S ribosomal protein S8 分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJW1
#53: タンパク質	40S ribosomal protein S11 分子量: 17586.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TRM4
#54: タンパク質	40S ribosomal protein S12 分子量: 13048.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SFR8
#57: タンパク質	40S ribosomal protein S15 分子量: 15115.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U0Q2
#59: タンパク質	40S ribosomal protein S17 分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TU13
#60: タンパク質	40S ribosomal protein S18 分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SZI5
#61: タンパク質	40S ribosomal protein S19 分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TN62
#63: タンパク質	40S ribosomal protein S21 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#66: タンパク質	40S ribosomal protein S24 分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3D8
#67: タンパク質	40S ribosomal protein S25 分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TDB3
#68: タンパク質	40S ribosomal protein S26 分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#69: タンパク質	40S ribosomal protein S27 分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TZ76
#71: タンパク質	40S ribosomal protein S29 分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U7M4

-
非ポリマー , 2種, 282分子

#87: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#88: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Ribosome complex / タイプ: RIBOSOME 詳細: 80S rabbit ribosome in complex with human CNOT3 protein Entity ID: #1-#86 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影	電子線照射量: 47.5 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19437 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.01	234715
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.056	343958
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	16.06	81237
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.055	42756
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.01	22567

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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要素

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Ribosomal protein ... , 21種, 21分子 A1D1E1K1L1R1W1b1E3G3K3O3P3R3V3X3Y3d3h3k3r3

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60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 B1C1F1G1H1I1M1N1O1P1Q1S1T1U1V1X1Y1a1c1d1f1l1j3l3m3n3o3p3q3s3t3u3

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タンパク質 , 8種, 8分子 J1Z1e1n1B3L3f3g3

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RNA鎖 , 6種, 6分子 m121A2B2C2A3

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 11

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40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 C3D3F3H3I3J3M3N3Q3S3T3U3W3Z3a3b3c3e3

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非ポリマー , 2種, 282分子

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詳細

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実験情報

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実験

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試料調製

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電子顕微鏡撮影

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)