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- PDB-8bh5: SARS-CoV-2 BA.2.12.1 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bh5
タイトルSARS-CoV-2 BA.2.12.1 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody
要素
  • Beta-27 heavy chain
  • Beta-27 light chain
  • Nanobody C1
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Viral Protein/Immune system / SARS-CoV-2 / Omicron / BA.2.12.1 / RBD / Beta-27
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Huo, J. / Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Humoral responses against SARS-CoV-2 Omicron BA.2.11, BA.2.12.1 and BA.2.13 from vaccine and BA.1 serum.
著者: Huo, J. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Nutalai, R. / Das, R. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
履歴
登録2022年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Beta-27 heavy chain
L: Beta-27 light chain
E: Spike protein S1
C: Nanobody C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,93418
ポリマ－84,3664
非ポリマー1,56714
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10960 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area32230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.846, 99.987, 56.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.105, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 HLC

#1: 抗体 Beta-27 heavy chain


分子量: 23532.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Beta-27 light chain


分子量: 23129.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Nanobody C1


分子量: 14659.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23044.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 171分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→55 Å / Num. obs: 38493 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1396 / CC1/2: 0.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.19_4092データ収集
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7zxu

7zxu


解像度: 2.38→54.78 Å / SU ML: 0.3416 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.4156
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 1842 4.97 %
Rwork0.1857 35221 -
obs0.188 37063 91.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→54.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5705 0 101 158 5964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00185953
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49838075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0415881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.77532131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.440.3754600.34021535X-RAY DIFFRACTION51.42
2.44-2.510.3589990.32312099X-RAY DIFFRACTION70.86
2.51-2.60.36471350.30972466X-RAY DIFFRACTION82.86
2.6-2.690.32311600.2872570X-RAY DIFFRACTION88.41
2.69-2.80.29021480.24312782X-RAY DIFFRACTION93.94
2.8-2.920.28181550.22942915X-RAY DIFFRACTION99.64
2.92-3.080.24251750.21262931X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.270.27581370.20572992X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.520.22481530.18132990X-RAY DIFFRACTION99.97
3.52-3.880.21111400.17242948X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.17951780.14662960X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.21281410.13363006X-RAY DIFFRACTION100
5.59-54.780.2071610.16983027X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81747013823-0.84302157048-0.7222111569942.6453389221.461974952672.71578112217-0.0598355461695-0.0838667258035-0.1112790022610.123635261516-0.03858593544930.0197694298890.1977374751240.1292044488210.113694566740.3813949229270.02831225198580.0004502802393270.3611346335770.02307529918980.33080539375438.7990614018-38.488771899933.6745675448
21.593562862820.584218320471-0.05724818666191.538218340640.8177875155821.75687226288-0.382081284855-0.1072587228740.167247707260.1104549853190.2441177265920.268072078117-0.148863572738-0.4130347099650.0807504721050.482833477316-0.04997195712010.00716628236880.5564736752590.1159209612030.39364489535310.1068840576-22.160373241845.3147307582
35.499285416060.4412803411461.835796862752.790963965720.5721116909953.567436608190.122493232117-0.283587631771-0.6214291875640.2079909146890.1594236975460.248915235380.183737123659-0.379836456934-0.2360164401170.287007685661-0.0149827765001-0.00973653432180.3283863722080.06190958099070.3890925153245.83983293358-27.685018960642.6131874331
49.392973327490.182821101484-1.468031770614.20411278513-1.734779415932.816731595060.4058218287960.5117082794210.299159816746-0.258799070835-0.285059431858-0.210971591609-0.198196976983-0.0679034689361-0.08426930655360.482232776070.152039164798-0.002176625543590.485441243647-0.04243586826490.35932521798529.7582120889-27.828950333211.6960387613
53.27346477687-0.986919252707-0.1904706235613.431345306360.2208404825263.10478336451-0.0163473331350.320073412347-0.368090819041-0.3096176152620.07073745353030.1382413484530.233849126177-0.0346664800136-0.03358601788720.4220918812720.0334198742929-0.06374027574730.47433820986-0.05598685405090.39824933212429.1738165804-40.583075946816.0199824718
62.96507720405-1.35193621181-0.8343961972251.903573150910.9466108753870.5235625002240.01417509427970.291532187145-0.272761956332-0.0212506298949-0.1035920571440.182624505796-0.0085674486368-0.03647612906090.09711188490680.3273468324430.0178759862192-0.05453895521730.3598198495680.03564292113710.28130901582818.5976695655-26.870968581223.6036128083
73.53383186170.7604650600641.027310177651.955399365922.353726925712.89426226863-0.03566080179740.1730577876960.320208171072-0.218460467574-0.001916079608080.220925662868-0.4763658365630.210594559242-0.07431029331280.400596870352-0.04655914281550.04604381195790.4178636938420.05144873270350.46859721517211.2744683521-12.029107043330.5579637769
82.93744550541-0.747412463564-0.3931834662754.139000806481.712643995565.289739214350.0719419151077-0.05989084764940.08508383380350.02718007584540.09030084338820.167189273384-0.0797282759702-0.202598830496-0.1411865217610.291813682155-0.0263036229455-0.02841992893950.3421319235470.04678264917090.389175273345.80511478634-12.975364542533.8862975433
98.42802443030.843415759574-0.641791186184.50440716628-0.8436890450865.54354856368-0.4017391951810.9111428891860.197907802918-0.881188610178-0.00804432076607-1.36159144048-0.2923513140491.080189710170.1399025959040.6941000725930.1318430855550.2247934615550.7521449209190.1252512548420.83350348288673.5562159723-38.12376959544.0919992937
103.309227854162.573961883390.324941955098.07950315733-0.3939915598645.524813692210.3321025906980.837048551905-0.0522257291020.02751760727430.015191086194-1.526816541760.05513087699171.05641872535-0.3058295094360.483911387290.02617975444550.09395905609490.6071922084890.07082493257240.7758866188574.1941903055-42.184037033311.675562718
112.94328144579-1.29014338271-1.085361920172.00517860568-1.260667491747.468309102060.713085374249-0.01361390982841.045195968430.07852421474-1.25929525581-1.46538467379-1.091037191750.9634434725360.5189828215050.884082684112-0.1288976311270.0579805389080.7498455762220.1623303847541.0540696651772.7291993945-25.30876263919.50997699133
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247.34217085473-1.957867323310.9148497290797.24239221610.164758291455.087168904240.2045616432520.774810163721.04693049544-0.3405903675750.128850939116-1.70254175909-0.6609317141510.845682019965-0.3373768997780.554031529117-0.02900540294870.1927471288730.4695020663010.0599032640670.85639411915567.5046720984-9.2130389511313.2049311323
253.9559664252-2.59640448945-1.309367045536.13852899594-0.8064209800742.818802512210.3425105204-0.02870359564640.7792675678010.110751943278-0.182874761812-1.07598594019-0.1942508366090.519943182076-0.03515395841150.613465122743-0.0806115212530.0299434068010.468432644156-0.0458755329530.75879267269661.5423676683-7.5594398036718.2121442736
266.03296085893-1.77035684551-0.5625672172135.739558628070.3026753098973.73520363418-0.272673574999-0.4991924961410.3374428010951.118925291310.225768077337-0.1607247138590.526347543591-0.09589677959090.07241496563050.56420100060.04377433306940.01981115712010.310006325454-0.01487423822690.44129964204260.3298356434-21.869591373322.1980558602
274.091745724420.0775229783559-4.03309322682.980950820483.3219085897.848997457730.5861714390021.18394865370.001905049773080.3108050024850.159817692479-0.490607771337-1.25373145638-0.592943159006-0.663685053380.6414732374710.07363300512230.05312841556170.4296648990940.0938490887070.5830011409551.7136340388-2.1133890739613.7734366586
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 113 )HA1 - 1131 - 113
22chain 'H' and (resid 114 through 138 )HA114 - 138114 - 136
33chain 'H' and (resid 139 through 220 )HA139 - 220137 - 218
44chain 'L' and (resid 1 through 30 )LF1 - 301 - 30
55chain 'L' and (resid 31 through 62 )LF31 - 6231 - 62
66chain 'L' and (resid 63 through 137 )LF63 - 13763 - 137
77chain 'L' and (resid 138 through 163 )LF138 - 163138 - 163
88chain 'L' and (resid 164 through 213 )LF164 - 213164 - 213
99chain 'E' and (resid 333 through 349 )EJ333 - 3491 - 17
1010chain 'E' and (resid 350 through 364 )EJ350 - 36418 - 32
1111chain 'E' and (resid 365 through 375 )EJ365 - 37533 - 43
1212chain 'E' and (resid 376 through 393 )EJ376 - 39344 - 61
1313chain 'E' and (resid 394 through 421 )EJ394 - 42162 - 89
1414chain 'E' and (resid 422 through 459 )EJ422 - 45990 - 127
1515chain 'E' and (resid 460 through 469 )EJ460 - 469128 - 137
1616chain 'E' and (resid 470 through 479 )EJ470 - 479138 - 147
1717chain 'E' and (resid 480 through 506 )EJ480 - 506148 - 174
1818chain 'E' and (resid 507 through 525 )EJ507 - 525175 - 187
1919chain 'C' and (resid 1 through 8 )CQ1 - 81 - 8
2020chain 'C' and (resid 9 through 17 )CQ9 - 179 - 17
2121chain 'C' and (resid 18 through 32 )CQ18 - 3218 - 32
2222chain 'C' and (resid 33 through 52 )CQ33 - 5233 - 52
2323chain 'C' and (resid 53 through 60 )CQ53 - 6053 - 60
2424chain 'C' and (resid 61 through 73 )CQ61 - 7361 - 73
2525chain 'C' and (resid 74 through 99 )CQ74 - 9974 - 99
2626chain 'C' and (resid 100 through 117 )CQ100 - 117100 - 117
2727chain 'C' and (resid 118 through 124 )CQ118 - 124118 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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