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Yorodumi- PDB-7zxu: SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zxu | |||||||||
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Title | SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody | |||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron BA.4 / BA.5 / RBD / antibody / Fab / Beta-27 / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Lama glama (llama) Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.89 Å | |||||||||
Authors | Huo, J. / Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2022 Title: Antibody escape of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 and BA.5 from vaccine and BA.1 serum. Authors: Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Ginn, H.M. / Selvaraj, M. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Duyvesteyn, H.M.E. / Das, R. / Skelly, D. / Ritter, T.G. ...Authors: Tuekprakhon, A. / Nutalai, R. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Zhou, D. / Ginn, H.M. / Selvaraj, M. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Supasa, P. / Duyvesteyn, H.M.E. / Das, R. / Skelly, D. / Ritter, T.G. / Amini, A. / Bibi, S. / Adele, S. / Johnson, S.A. / Constantinides, B. / Webster, H. / Temperton, N. / Klenerman, P. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Crook, D. / Pollard, A.J. / Lambe, T. / Goulder, P. / Paterson, N.G. / Williams, M.A. / Hall, D.R. / Fry, E.E. / Huo, J. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zxu.cif.gz | 389.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7zxu.ent.gz | 260.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zxu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zxu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ps1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 3 types, 3 molecules AHL
#2: Antibody | Mass: 14659.114 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#3: Antibody | Mass: 23532.479 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Antibody | Mass: 23129.549 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules E
#1: Protein | Mass: 22996.928 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#7: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 594 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-IPA / #8: Chemical | ChemComp-PG4 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4% (v/v) 2-propanol, 0.1M BIS-Tris propane, pH9.0, 20% (w/v) PEG monomethyl ether 5000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 19, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→66 Å / Num. obs: 72125 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 27.4 % / Biso Wilson estimate: 31.82 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.313 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 7.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3536 / CC1/2: 0.418 / Rpim(I) all: 0.848 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7PS1 Resolution: 1.89→65.75 Å / SU ML: 0.2301 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.8968 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.89→65.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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