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Yorodumi- PDB-8bh5: SARS-CoV-2 BA.2.12.1 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bh5 | |||||||||
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Title | SARS-CoV-2 BA.2.12.1 RBD in complex with Beta-27 Fab and C1 nanobody | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Viral Protein/Immune system / SARS-CoV-2 / Omicron / BA.2.12.1 / RBD / Beta-27 | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Lama glama (llama) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | |||||||||
Authors | Huo, J. / Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Cell Discov / Year: 2022 Title: Humoral responses against SARS-CoV-2 Omicron BA.2.11, BA.2.12.1 and BA.2.13 from vaccine and BA.1 serum. Authors: Huo, J. / Dijokaite-Guraliuc, A. / Nutalai, R. / Das, R. / Zhou, D. / Mentzer, A.J. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bh5.cif.gz | 371.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bh5.ent.gz | 251.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bh5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bh5_validation.pdf.gz | 815.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bh5_full_validation.pdf.gz | 824.7 KB | Display | |
Data in XML | 8bh5_validation.xml.gz | 29 KB | Display | |
Data in CIF | 8bh5_validation.cif.gz | 39.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/8bh5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7zxuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 3 types, 3 molecules HLC
#1: Antibody | Mass: 23532.479 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23129.549 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Antibody | Mass: 14659.114 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules E
#3: Protein | Mass: 23044.971 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#5: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 3 types, 171 molecules
#6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-PO4 / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→55 Å / Num. obs: 38493 / % possible obs: 94.8 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.38→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1396 / CC1/2: 0.13 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7zxu Resolution: 2.38→54.78 Å / SU ML: 0.3416 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.4156 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→54.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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